Genoverse基因浏览器搭建与配置指南

1. 项目目录结构及介绍

Genoverse是一个高度可定制的JavaScript和HTML5基因组浏览器，它允许用户以动态交互的方式探索数据。下面是Genoverse的主要目录结构概述：

Genoverse/
├── assets                  # 静态资源文件夹，如图片、样式等可能存放于此
├── src                     # 源代码文件夹，包括核心逻辑
│   ├── Controller          # 控制器子目录，管理DOM元素和用户交互
│   ├── Model               # 数据模型子目录，存储和处理数据
│   ├── View                # 视图子目录，定义数据的显示方式
│   ├── Track               # 轨道相关代码，每个轨道是可视化的独立部分
│   └── ...                 # 其他核心功能目录
├── test                    # 测试相关文件
├── utils                   # 辅助工具函数
├── .eslint{rc(js),ignore}  # ESLint配置和忽略规则文件
├── babel.config.js         # Babel转译配置文件
├── gitignore               # Git忽略文件列表
├── npmignore               # npm发布时忽略的文件列表
├── LICENSE.txt             # 许可证文件
├── README.md               # 项目说明文档
├── package.json            # 包配置文件，包含依赖和构建脚本
├── webpack.config.js       # Webpack构建配置文件
└── yarn.lock               # Yarn包锁定文件

每个子目录都承载了Genoverse特定功能的实现，例如Track下包含了不同类型的轨道实现，如基因、变异展示的模型、视图和控制器。

2. 项目的启动文件介绍

Genoverse不直接提供一个传统的“启动文件”用于即时运行整个应用，而是通过引入库并在网页中实例化来使用。但其构建过程可以通过以下步骤完成：

• 本地开发环境准备：首先，你需要安装Node.js和Yarn（或者npm），然后在项目根目录下运行yarn或npm install以安装所有依赖。
• 构建命令：使用yarn webpack或根据package.json中的脚本执行构建过程，生成可用于生产环境的JS文件。
• 集成到网页：在你的网页项目中，通过添加Genoverse的构建产物到HTML中（通常通过CDN或本地路径），并用JavaScript初始化Genoverse实例。示例：

  <script src="/path/to/genoverse/dist/genoverse.js"></script>
  <script>
    const genoverse = new Genoverse([...configuration]);
  </script>
  

3. 项目的配置文件介绍

Genoverse的配置主要不是通过单独的配置文件进行，而是在创建Genoverse实例时作为参数传递。这可以通过几种方式进行：

• 直接在JavaScript代码中定义配置：你可以提供一个对象给new Genoverse()构造函数，其中可以设置轨道(tracks)、插件(plugins)、基因组(genomes)等。

• 使用Genoverse.configure()方法：此方法允许你在Genoverse实例创建之前自定义加载哪些组件，如轨道、插件和基因组定义，以及是否导入CSS和Font Awesome等资源。配置可以在package.json脚本中预先设定，也可以在代码中按需调用。

Genoverse.configure({
  tracks: [],
  plugins: [],
  genomes: [],
  css: true,
  fontawesome: true,
});

该方法提供了高度的定制性，让你能够精简打包，仅包含项目所需的功能部分。

综上所述，Genoverse的配置和使用更倾向于代码内的声明与控制，确保开发者能够在不同的应用场景中灵活配置这个强大的基因组浏览器。