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DeepMD-kit v3.1.0发布:新一代分子动力学研究工具的重大升级

2025-06-28 12:31:36作者:温艾琴Wonderful

DeepMD-kit是一款基于深度学习的分子动力学研究工具,它通过神经网络模型来预测原子间的相互作用势能,从而大幅提升分子动力学研究的效率和精度。该项目由深度势能团队开发,已经成为计算材料科学和计算化学领域的重要工具。最新发布的DeepMD-kit v3.1.0版本带来了多项重大改进和新功能,特别是在原子间势能模型和计算后端方面取得了突破性进展。

DPA3:新一代原子间势能模型

DPA3是本次版本更新中最引人注目的新特性,它是一种基于消息传递架构的高级原子间势能模型。作为大型原子模型(LAM),DPA3的设计理念使其能够整合和同时训练来自不同学科的数据集,涵盖各种化学和材料系统中的多样化研究领域。

DPA3的模型设计确保了在训练域内外的出色拟合精度和强大的泛化能力。特别值得一提的是,该模型严格保持了能量守恒特性,并尊重势能面的物理对称性,这使得它成为各类科学应用中值得信赖的工具。用户可以参考示例目录中的水分子DPA3训练脚本来开始使用这一新模型。

PaddlePaddle后端支持

v3.1.0版本新增了对PaddlePaddle计算后端的支持。这一后端提供了与PyTorch后端类似的Python接口,确保了模型开发的兼容性和灵活性。PaddlePaddle引入了动态图转静态图功能以及PaddlePaddle JIT编译器(CINN),支持动态形状和高阶微分。

动态图转静态图功能能够自动捕获用户的动态图代码并将其转换为静态图。转换完成后,CINN编译器会对计算图进行优化,从而显著提高模型训练和推理的效率。在实际测试中,使用DPA-2模型时,相比动态图实现了约40%的训练时间缩减,有效提升了模型训练效率。

其他重要特性

除了上述两大核心改进外,DeepMD-kit v3.1.0还包含多项功能增强:

  1. 支持PyTorch后端的PyPI LAMMPS集成
  2. 新增案例嵌入和可共享拟合功能
  3. 支持能量Hessian矩阵的训练
  4. 针对大型系统优化的新批量大小规则
  5. 添加了访问PPPM/DPLR中fele的方法
  6. 在张量损失函数中增加了原子权重
  7. 属性拟合中新增可训练参数
  8. 支持拟合网络输入统计
  9. JAX后端支持Hessian计算
  10. 新增数据修改器的插件模式
  11. 添加Huber损失函数
  12. 支持AdamW优化器
  13. 支持自定义rglob
  14. 在dp show命令中增加尺寸选项

性能优化与兼容性

新版本在保持原有功能的基础上,对性能进行了全面优化。特别是在训练大型系统时,新的批量大小规则能够更有效地利用计算资源。同时,多种后端支持使得DeepMD-kit能够适应不同的计算环境和硬件配置,为用户提供了更大的灵活性。

总结

DeepMD-kit v3.1.0的发布标志着这一分子动力学研究工具在精度、效率和通用性方面都迈上了一个新台阶。DPA3模型的引入为复杂材料系统的研究提供了更强大的工具,而PaddlePaddle后端的支持则为用户提供了更多计算选择。这些改进将有助于推动计算材料科学和计算化学研究的发展,使科学家们能够更高效、更准确地研究和预测材料的性质和行为。

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