【亲测免费】 MultiPrime 项目安装与使用教程

1. 项目目录结构及介绍

MultiPrime 项目的目录结构如下：

multiPrime/
├── scripts/
│   ├── test_data/
│   ├── multi-DegePrime.py
│   ├── multi-DegePrime.yaml
│   ├── multiPrime-original.py
│   ├── multiPrime-original.yaml
│   ├── multiPrime.py
│   ├── multiPrime.yaml
│   ├── requirement.txt
│   ├── requirement2.txt
│   ├── run.sh
│   └── snakemake_dag.sh
├── LICENSE
├── README.md
└── requirement.txt

目录结构介绍：

• scripts/: 包含项目的核心脚本文件和配置文件。

  • test_data/: 测试数据目录。
  • multi-DegePrime.py: 用于设计简并引物的脚本。
  • multi-DegePrime.yaml: 简并引物设计的配置文件。
  • multiPrime-original.py: 原始引物设计脚本。
  • multiPrime-original.yaml: 原始引物设计的配置文件。
  • multiPrime.py: 更新后的引物设计脚本。
  • multiPrime.yaml: 更新后引物设计的配置文件。
  • requirement.txt: 项目依赖文件。
  • requirement2.txt: 备用依赖文件。
  • run.sh: 启动项目的脚本。
  • snakemake_dag.sh: Snakemake 工作流管理脚本。

• LICENSE: 项目许可证文件。

• README.md: 项目说明文件。

• requirement.txt: 项目依赖文件。

2. 项目启动文件介绍

项目的启动文件是 scripts/run.sh。该脚本用于启动 MultiPrime 项目，执行整个处理流程。

启动步骤：

1. 进入项目目录：

   cd multiPrime
   

2. 运行启动脚本：

   bash scripts/run.sh
   

脚本功能：

• run.sh: 该脚本会自动执行 MultiPrime 项目的所有分析步骤，包括序列分类、引物设计和引物组合。

3. 项目配置文件介绍

项目的配置文件主要位于 scripts/ 目录下，包括 multi-DegePrime.yaml、multiPrime-original.yaml 和 multiPrime.yaml。

配置文件介绍：

• multi-DegePrime.yaml: 用于简并引物设计的配置文件，包含引物设计参数、序列输入路径等。
• multiPrime-original.yaml: 用于原始引物设计的配置文件，包含引物设计参数、序列输入路径等。
• multiPrime.yaml: 用于更新后引物设计的配置文件，包含引物设计参数、序列输入路径等。

配置文件示例：

# multiPrime.yaml 配置文件示例
input_file: "path/to/input.fasta"
output_dir: "path/to/output"
primer_length: 20
melting_temperature: 60

配置文件参数说明：

• input_file: 输入的 FASTA 格式文件路径。
• output_dir: 输出结果的目录路径。
• primer_length: 引物长度。
• melting_temperature: 引物熔解温度。

通过配置文件，用户可以自定义引物设计的参数，以满足不同的实验需求。