3D-DNA 项目使用教程

1. 项目的目录结构及介绍

3D-DNA 项目的目录结构如下：

3d-dna/
├── docs/
├── scripts/
├── utils/
├── LICENSE
├── README.md
└── run-asm-pipeline.sh

• docs/: 包含项目的文档文件。
• scripts/: 包含项目的主要脚本文件。
• utils/: 包含一些辅助工具和脚本。
• LICENSE: 项目的许可证文件。
• README.md: 项目的介绍和使用说明。
• run-asm-pipeline.sh: 项目的启动文件。

2. 项目的启动文件介绍

run-asm-pipeline.sh 是 3D-DNA 项目的主要启动文件。该脚本用于启动基因组装配流程。以下是该文件的基本介绍：

• 功能: 启动基因组装配流程，包括编辑、粗略分辨率调整、重复覆盖率调整等步骤。
• 使用方法: 通过命令行运行该脚本，并根据需要传递参数。

示例命令：

./run-asm-pipeline.sh -r 2 --editor-repeat-coverage 10 --editor-coarse-resolution 5000 ~/xxx.fasta ~/merged_nodups.txt

3. 项目的配置文件介绍

3D-DNA 项目没有明确的配置文件，但可以通过命令行参数进行配置。以下是一些常用的参数：

• --editor-repeat-coverage: 设置重复区域的覆盖率。
• --editor-coarse-resolution: 设置粗略分辨率。
• -r: 设置编辑迭代次数。

这些参数可以在运行 run-asm-pipeline.sh 脚本时传递，以定制化装配流程。

示例配置：

./run-asm-pipeline.sh -r 2 --editor-repeat-coverage 10 --editor-coarse-resolution 5000 ~/xxx.fasta ~/merged_nodups.txt

通过以上配置，可以灵活地调整装配流程的参数，以适应不同的基因组数据。