Refine.bio 项目使用教程
2025-04-19 11:39:31作者:虞亚竹Luna
1. 项目的目录结构及介绍
Refine.bio 是一个旨在整合公开的生物数据,为癌症研究者和 AI/ML 科学家提供即用数据集的项目。以下是项目的目录结构及各部分的简要介绍:
ami/
: 包含与亚马逊机器镜像(AMI)相关的代码。api/
: 包含构建 refinebio API 的代码。common/
: 包含foreman
和workers
都需要使用的通用代码。config/
: 包含配置文件和相关设置。foreman/
: 负责发现和下载/处理数据,并管理任务。infrastructure/
: 管理 refinebio 基础设施。keys/
: 存储密钥和相关安全文件。scripts/
: 包含各种脚本,用于安装、启动服务和执行其他任务。test_volume/
: 用于测试的数据卷。workers/
: 负责运行下载器和处理器任务。.boto/
: 保存 boto 配置文件。.dockerignore
: 指定不应添加到 Docker 镜像中的文件和目录。.gitignore
: 指定不应添加到 Git 仓库中的文件和目录。DEBUGGING.md
: 提供调试信息。LICENSE
: 项目许可证文件。README.md
: 项目说明文件。codecov.yml
: Codecov 配置文件。schema.png
: 项目架构图。setup.cfg
: 设置配置文件。
2. 项目的启动文件介绍
项目的启动主要是通过一系列的脚本来完成的,以下是一些主要的启动文件:
scripts/install_all.sh
: 自动安装所有必要的依赖。scripts/run_postgres.sh
: 启动本地 Postgres 服务器。scripts/install_db_docker.sh
: 初始化数据库。scripts/run_psql_shell.sh
: 启动 psql 命令行界面。scripts/run_es.sh
: 启动本地 ElasticSearch 实例。scripts/rebuild_es_index.sh
: 重建 ES 索引。
3. 项目的配置文件介绍
项目的配置文件主要位于 config/
目录下,以下是一些重要的配置文件:
config/settings.py
: 包含项目的全局设置,如数据库连接信息、API 密钥等。config/local_settings.py
: 包含特定于本地开发环境的设置。config/production_settings.py
: 包含生产环境的配置设置。
在使用项目之前,需要根据实际环境对配置文件进行相应的调整。确保所有敏感信息,如数据库密码和 API 密钥,都正确设置并安全存储。
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