ProSPr 项目使用教程

1. 项目目录结构及介绍

prospr/
├── data/
│   └── ...  # 数据文件目录
├── dependencies/
│   └── prospr-env.yml  # Conda 环境配置文件
├── prospr.py  # 项目主文件
├── .gitignore  # Git 忽略文件配置
├── LICENSE  # 项目许可证
├── README.md  # 项目说明文档
└── ...

目录结构说明

• data/: 存放项目所需的数据文件。
• dependencies/: 包含项目依赖的配置文件，如 prospr-env.yml，用于创建 Conda 环境。
• prospr.py: 项目的主文件，包含主要的逻辑和功能。
• .gitignore: Git 忽略文件配置，指定哪些文件或目录不需要被 Git 管理。
• LICENSE: 项目的许可证文件，本项目使用 MIT 许可证。
• README.md: 项目的说明文档，包含项目的基本信息和使用说明。

2. 项目启动文件介绍

项目的主启动文件是 prospr.py。该文件包含了项目的核心功能，包括预测和训练网络的代码。

主要功能

• 预测功能: 通过 python3 prospr.py predict --a3m /data/evaluate/T1034.a3m 命令可以进行蛋白质结构的预测。
• 训练功能: 通过 python3 prospr.py train 命令可以训练一个新的网络。

使用示例

# 进行预测
python3 prospr.py predict --a3m /data/evaluate/T1034.a3m

# 训练新网络
python3 prospr.py train

3. 项目的配置文件介绍

项目的配置文件主要位于 dependencies/ 目录下，其中最重要的是 prospr-env.yml 文件。该文件用于配置 Conda 环境，确保项目所需的依赖库和版本正确安装。

prospr-env.yml 文件内容示例

name: prospr-env
channels:
  - defaults
dependencies:
  - python=3.8
  - numpy
  - scipy
  - ...

使用方法

通过以下命令创建并激活 Conda 环境：

conda env create -f dependencies/prospr-env.yml
conda activate prospr-env

其他配置文件

• .gitignore: 用于指定不需要被 Git 管理的文件和目录。
• LICENSE: 项目的许可证文件，本项目使用 MIT 许可证。

通过以上步骤，您可以顺利地启动和配置 ProSPr 项目，并开始进行蛋白质结构的预测和训练。