【亲测免费】 LAMMPS 教程：安装与使用指南

1. 项目目录结构及介绍

在下载并解压LAMMPS源代码之后，你会看到以下主要的目录结构：

• src/: 主要的源代码存放目录，包含了所有LAMMPS的核心功能和各种计算模型。
• doc/: 文档目录，包括HTML格式的在线帮助和PDF版本的手册。
• examples/: 示例目录，用于展示如何运行不同类型的模拟。
• lib/: 外部库目录，如果需要，可以在这里找到或添加额外的依赖库。
• make/: Makefile模板目录，用于构建和定制LAMMPS编译选项。
• packages/: 可选包目录，包含非核心但有用的扩展功能。

2. 项目的启动文件介绍

LAMMPS的主输入文件通常以.lmp或.data为扩展名，其中.data文件包含了分子系统的详细信息，如原子类型、坐标、力常数等。.lmp文件则包含LAMMPS命令行指令，例如设置模拟参数、定义计算步骤和输出结果。启动LAMMPS时，你将需要指定这两个文件，通常使用如下命令行格式：

./lmp_mpi < input.lmp

这里，lmp_mpi是可执行文件，input.lmp是你编写的LAMMPS指令文件。

3. 项目的配置文件介绍

LAMMPS的配置主要通过编译时选择不同的Makefile模板以及在make命令中指定选项完成。一些常见的配置包括：

• 编译模式：你可以选择optimize, debug, 或 profile等模式来调整性能和调试级别。
• 启用/禁用包：LAMMPS有许多可选包，比如Kokkos（用于加速计算），可以通过-package选项在Makefile中控制。
• 并行计算：通过MPI支持进行多进程并行计算，可以在Makefile模板中设置USE_MPI。
• 硬件优化：对于特定的CPU架构，如GPU或多核处理器，可以启用特定的优化选项。

例如，要构建一个启用Kokkos并行包的优化版本，你可以运行：

cd src
make yes-package Kokkos
make mode=opt
cd ..

以上就是关于LAMMPS的基本安装和使用教程。更详细的配置和操作方法，建议参考LAMMPS的官方文档和示例。祝你成功运行你的分子动力学模拟！