CloudBioLinux技术文档

1. 安装指南

安装CloudBioLinux之前，您需要确保系统中已安装Python和pip。以下是安装步骤：

1. 克隆CloudBioLinux代码库：

   git clone https://github.com/chapmanb/cloudbiolinux.git
   cd cloudbiolinux
   

2. 安装fabric：

   pip install fabric
   

3. 下载并安装Miniconda（这是一个轻量级的conda安装环境，用于安装Python包）：

   wget https://repo.continuum.io/miniconda/Miniconda2-latest-Linux-x86_64.sh
   bash Miniconda2-latest-Linux-x86_64.sh -b -p ~/cblenv
   

4. 在Miniconda环境中安装必要的Python包：

   ~/cblenv/bin/conda install -y -c bioconda -c conda-forge pip fabric pyyaml
   

2. 项目的使用说明

CloudBioLinux的使用非常灵活，您可以通过以下方式来使用它：

• 在本地机器上安装：

  fab -f fabfile.py -H localhost install_biolinux
  

• 通过指定flavor来自定义安装的软件包：

  fab -f fabfile.py -H localhost install_biolinux:flavor=my_flavor
  

• 安装特定部分的CloudBioLinux，例如只安装系统包或库：

  fab -f fabfile.py -H localhost install_biolinux:packages
  fab -f fabfile.py -H localhost install_biolinux:libraries
  

• 安装特定的Homebrew或自定义包：

  fab -f fabfile.py -H localhost install_custom:package_name
  

3. 项目API使用文档

目前CloudBioLinux的API文档并未在readme中明确说明，但可以通过阅读源码中的fabfile.py文件来了解如何通过fabric命令行工具来调用不同的安装任务。

4. 项目安装方式

CloudBioLinux提供了多种安装方式，您可以选择以下任何一种：

• 在本地虚拟机或物理机上通过fabric脚本来安装。
• 在云环境中（如Amazon EC2）使用预构建的CloudBioLinux AMI。

以下是本地虚拟机或物理机的安装步骤：

1. 克隆代码库并安装fabric。
2. 使用fabric脚本进行安装，可以选择不同的flavor来定制安装。

在Amazon EC2上的安装步骤：

1. 登录Amazon EC2控制台。
2. 启动一个实例，并选择最新的CloudBioLinux AMI。详细的指导可以在CloudBioLinux官网上找到。