5分钟上手基因组数据挖掘：Awesome Public Datasets生物数据集全攻略

你是否还在为寻找高质量的基因组数据而烦恼？面对海量的生物信息学资源不知从何下手？本文将带你快速掌握Awesome Public Datasets项目中生物数据集的使用方法，让你在5分钟内找到适合研究的基因组数据资源。

项目简介

Awesome Public Datasets是一个高质量、主题集中的公共数据集列表，由上海交通大学OMNILab孵化，现隶属于白玉兰开放AI社区。项目采用自动化工具apd-core维护，确保数据资源的时效性和准确性。

官方文档：README.rst

生物数据集概览

项目中的生物数据集涵盖了从基因组学到蛋白质组学的多个研究领域，主要包括以下几类：

基因组学数据集

• |FIXME_ICON| 1000 Genomes - The 1000 Genomes Project ran between 2008 and 2015, creating the largest [...] <https://www.internationalgenome.org/data>_ [Meta <https://github.com/awesomedata/apd-core/tree/master/core//Biology/1000-Genomes.yml>_]

• |OK_ICON| Ensembl Genomes <https://ensemblgenomes.org/>_ [Meta <https://github.com/awesomedata/apd-core/tree/master/core//Biology/Ensembl-Genomes.yml>_]

• |OK_ICON| UCSC Public Data <http://hgdownload.soe.ucsc.edu/downloads.html>_ [Meta <https://github.com/awesomedata/apd-core/tree/master/core//Biology/UCSC-Public-Data.yml>_]

功能基因组学数据集

• |OK_ICON| ENCODE project - The Encyclopedia of DNA Elements (ENCODE) Consortium is an ongoing [...] <https://www.encodeproject.org>_ [Meta <https://github.com/awesomedata/apd-core/tree/master/core//Biology/ENCODE-project.yml>_]

• |OK_ICON| Gene Expression Omnibus (GEO) - GEO is a public functional genomics data repository [...] <http://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/>_ [Meta <https://github.com/awesomedata/apd-core/tree/master/core//Biology/Gene-Expression-Omnibus-GEO.yml>_]

肿瘤基因组数据集

• |OK_ICON| The Cancer Genome Atlas (TCGA), available via Broad GDAC <https://gdac.broadinstitute.org/>_ [Meta <https://github.com/awesomedata/apd-core/tree/master/core//Biology/The-Cancer-Genome-Atlas-TCGA-available-via-Broad-GDAC.yml>_]

• |OK_ICON| Sanger Catalogue of Somatic Mutations in Cancer (COSMIC) - COSMIC, the Catalogue Of Somatic [...] <http://cancer.sanger.ac.uk/cosmic>_ [Meta <https://github.com/awesomedata/apd-core/tree/master/core//Biology/Sanger-Catalogue-of-Somatic-Mutations-in-Cancer-COSMIC.yml>_]

数据集获取与使用

项目克隆

要获取项目中的数据集，首先需要克隆整个仓库：

git clone https://gitcode.com/GitHub_Trending/aw/awesome-public-datasets

本地数据集示例

项目提供了一些示例数据集，存放在Datasets目录下：

示例数据集目录：Datasets/

其中包括泰坦尼克号乘客数据集：

• titanic.csv
• titanic.csv.zip

数据格式说明

大多数基因组数据集以以下几种格式提供：

• FASTA格式：用于存储核酸或蛋白质序列
• BED格式：用于描述基因组特征
• VCF格式：用于存储遗传变异数据
• CSV/TSV格式：用于存储表格型数据，如Titanic数据集

数据分析流程

基因组数据分析通常包括以下步骤：

graph LR
    A[数据获取] --> B[数据预处理]
    B --> C[序列比对]
    C --> D[变异检测]
    D --> E[功能注释]
    E --> F[结果可视化]

常用工具推荐

处理基因组数据常用的工具包括：

• BWA：用于序列比对
• GATK：用于变异检测
• Samtools：用于BAM文件处理
• Bedtools：用于基因组区间分析
• ANNOVAR：用于变异注释

总结与展望

Awesome Public Datasets项目为基因组学研究提供了丰富的高质量数据资源。通过本文介绍的方法，你可以快速找到并使用适合自己研究的数据集。随着项目的不断更新，更多高质量的基因组数据将被纳入，为科研人员提供更全面的数据支持。

鼓励大家参与项目贡献，提交新的数据集或改进现有数据描述。项目贡献指南参见官方文档：README.rst

下期预告

下一期我们将详细介绍如何使用ENCODE项目数据集进行表观基因组学分析，敬请关注！