Skeleton-Recall 的安装和配置教程
2025-05-24 18:45:24作者:羿妍玫Ivan
1. 项目基础介绍
Skeleton-Recall 是一个开源项目,其主要目标是通过一种新颖的损失函数——Skeleton Recall Loss,来增强计算机视觉中细管状结构的连通性保持和资源高效分割。这种损失函数特别适用于血管、神经、道路或裂纹等细管状结构的分割任务。项目主要使用 Python 编程语言实现。
2. 关键技术和框架
本项目基于 nnUNet 框架,并引入了以下关键技术:
- Tubed Skeletonization:一种在数据加载过程中对真实分割掩膜进行骨架化的方法,它通过二值化、骨架提取、管状膨胀和类别分配等步骤来构建骨架。
- Soft Recall Loss:一种软召回损失计算方法,它基于预测结果和预先计算的管状骨架之间的比较来评估连通性保持。
- 损失函数组合:Skeleton Recall Loss 可以与其他通用损失函数(如 Dice Loss、交叉熵损失)结合使用,以提高分割性能。
3. 安装和配置准备工作
在开始安装之前,请确保您的系统中已安装以下依赖项:
- Python(建议使用 Python 3)
- pip(Python 包管理器)
- Git(用于克隆仓库)
详细的安装步骤
以下是将 Skeleton-Recall 项目安装到您本地环境的详细步骤:
-
克隆项目仓库
打开命令行窗口,执行以下命令以克隆项目仓库:
git clone https://github.com/MIC-DKFZ/Skeleton-Recall.git
-
安装依赖项
切换到项目目录,安装项目所需的依赖项:
cd Skeleton-Recall pip install -e .
-
设置 nnUNet 环境
要使 Skeleton-Recall 在 nnUNet 框架上工作,您需要将一些文件复制到现有的 nnUNet 安装目录中。这包括:
nnUNetTrainerSkeletonRecall
类- 数据加载过程中的骨架化过程
- 自定义损失函数
- 损失函数组合
请参考项目文档,将这些文件复制到适当的位置。
-
配置环境变量
nnU-Net 需要知道您打算保存原始数据、预处理数据和训练模型的位置。请按照以下指南设置环境变量:
# 示例设置环境变量,您需要根据实际情况设置这些值 export nnUNet_raw_data_base="/path/to/your/raw/data" export nnUNet_preprocessed_data_base="/path/to/your/preprocessed/data" export nnUNet_trained_models_base="/path/to/your/trained/models"
-
训练模型
当一切配置完成后,您可以使用以下命令来训练模型:
-
对于 2D 数据:
nnUNetv2_train DATASET_NAME_OR_ID 2d FOLD -tr nnUNetTrainerSkeletonRecall
-
对于 3D 数据:
nnUNetv2_train DATASET_NAME_OR_ID 3d_fullres FOLD -tr nnUNetTrainerSkeletonRecall
请替换
DATASET_NAME_OR_ID
和FOLD
为您的具体数据集和折数。 -
按照上述步骤操作,您应该能够成功安装和配置 Skeleton-Recall 项目。
登录后查看全文
热门项目推荐
cherry-studio
🍒 Cherry Studio 是一款支持多个 LLM 提供商的桌面客户端TypeScript037RuoYi-Vue3
🎉 (RuoYi)官方仓库 基于SpringBoot,Spring Security,JWT,Vue3 & Vite、Element Plus 的前后端分离权限管理系统Vue0407arkanalyzer
方舟分析器:面向ArkTS语言的静态程序分析框架TypeScript040GitCode百大开源项目
GitCode百大计划旨在表彰GitCode平台上积极推动项目社区化,拥有广泛影响力的G-Star项目,入选项目不仅代表了GitCode开源生态的蓬勃发展,也反映了当下开源行业的发展趋势。02CS-Books
🔥🔥超过1000本的计算机经典书籍、个人笔记资料以及本人在各平台发表文章中所涉及的资源等。书籍资源包括C/C++、Java、Python、Go语言、数据结构与算法、操作系统、后端架构、计算机系统知识、数据库、计算机网络、设计模式、前端、汇编以及校招社招各种面经~05openGauss-server
openGauss kernel ~ openGauss is an open source relational database management systemC++0145
热门内容推荐
1 freeCodeCamp全栈开发课程中测验游戏项目的参数顺序问题解析2 freeCodeCamp音乐播放器项目中的函数调用问题解析3 freeCodeCamp 课程中关于角色与职责描述的语法优化建议 4 freeCodeCamp博客页面工作坊中的断言方法优化建议5 freeCodeCamp猫照片应用教程中的HTML注释测试问题分析6 freeCodeCamp论坛排行榜项目中的错误日志规范要求7 freeCodeCamp英语课程视频测验选项与提示不匹配问题分析8 freeCodeCamp课程页面空白问题的技术分析与解决方案9 freeCodeCamp课程视频测验中的Tab键导航问题解析10 freeCodeCamp全栈开发课程中React组件导出方式的衔接问题分析
最新内容推荐
Visual-RFT项目中模型路径差异的技术解析 Microcks在OpenShift上部署Keycloak PostgreSQL的权限问题解析 Beyla项目中的HTTP2连接检测问题解析 RaspberryMatic项目中HmIP-BWTH温控器假期模式设置问题分析 Lets-Plot 库中条形图标签在坐标轴反转时的定位问题解析 BedrockConnect项目版本兼容性问题解析与解决方案 LiquidJS 10.21.0版本新增数组过滤功能解析 Mink项目中Selenium驱动切换iframe的兼容性问题分析 Lichess移动端盲棋模式字符串优化解析 sbctl验证功能JSON输出问题解析
项目优选
收起

🔥LeetCode solutions in any programming language | 多种编程语言实现 LeetCode、《剑指 Offer(第 2 版)》、《程序员面试金典(第 6 版)》题解
Java
51
15

🎉 (RuoYi)官方仓库 基于SpringBoot,Spring Security,JWT,Vue3 & Vite、Element Plus 的前后端分离权限管理系统
Vue
535
406

openGauss kernel ~ openGauss is an open source relational database management system
C++
63
145

React Native鸿蒙化仓库
C++
120
207

🍒 Cherry Studio 是一款支持多个 LLM 提供商的桌面客户端
TypeScript
397
37

本仓将收集和展示高质量的仓颉示例代码,欢迎大家投稿,让全世界看到您的妙趣设计,也让更多人通过您的编码理解和喜爱仓颉语言。
Cangjie
297
1.03 K

旨在打造算法先进、性能卓越、高效敏捷、安全可靠的密码套件,通过轻量级、可剪裁的软件技术架构满足各行业不同场景的多样化要求,让密码技术应用更简单,同时探索后量子等先进算法创新实践,构建密码前沿技术底座!
C
98
251

本仓将收集和展示仓颉鸿蒙应用示例代码,欢迎大家投稿,在仓颉鸿蒙社区展现你的妙趣设计!
Cangjie
358
342

🔥🔥超过1000本的计算机经典书籍、个人笔记资料以及本人在各平台发表文章中所涉及的资源等。书籍资源包括C/C++、Java、Python、Go语言、数据结构与算法、操作系统、后端架构、计算机系统知识、数据库、计算机网络、设计模式、前端、汇编以及校招社招各种面经~
50
5

为非计算机科班出身 (例如财经类高校金融学院) 同学量身定制,新手友好,让学生以亲身实践开源开发的方式,学会使用计算机自动化自己的科研/创新工作。案例以量化投资为主线,涉及 Bash、Python、SQL、BI、AI 等全技术栈,培养面向未来的数智化人才 (如数据工程师、数据分析师、数据科学家、数据决策者、量化投资人)。
Jupyter Notebook
51
54