Assembled Genomes Compressor (AGC) 项目下载及安装教程

1. 项目介绍

Assembled Genomes Compressor (AGC) 是一个用于压缩 de-novo 组装基因组的工具。它适用于各种类型的基因组数据集，包括短基因组（如病毒）和长基因组（如人类）。AGC 提供了高压缩比，特别是对于高质量基因组，能够有效减少存储需求。

2. 项目下载位置

AGC 项目存储在 GitHub 上，您可以在这里找到并克隆项目：AGC GitHub 仓库

3. 项目安装环境配置

在安装 AGC 之前，您需要确保您的系统环境满足以下要求：

• 操作系统：Windows、Linux 或 MacOS
• 编译器：根据操作系统不同，可能需要安装相应的编译器和依赖库

以下是在 Linux 系统中安装 AGC 的环境配置示例：

# 安装依赖
sudo apt update
sudo apt install -y make g++-10 nasm

4. 项目安装方式

AGC 可以通过编译源代码的方式进行安装。以下是详细的安装步骤：

# 克隆项目
git clone --recurse-submodules https://github.com/refresh-bio/agc.git

# 切换到项目目录
cd agc

# 编译项目
make

编译完成后，您可以在 bin 目录下找到 AGC 的可执行文件。

5. 项目处理脚本

以下是一个简单的 AGC 使用示例，用于创建一个压缩的基因组集合：

# 创建压缩集合
bin/agc create ref.fa in1.fa in2.fa > col.agc

这里的 ref.fa 是参考基因组文件，in1.fa 和 in2.fa 是要压缩的基因组文件。命令执行后，会生成一个名为 col.agc 的压缩文件。

要提取压缩文件中的某个基因组，可以使用以下命令：

# 从压缩集合中提取基因组
bin/agc getset col.agc sample_name > out.fa

这里的 sample_name 是集合中某个基因组的名称，out.fa 是提取后的基因组文件。

以上就是 AGC 的下载和安装教程，希望对您有所帮助。