Plotsr 项目教程

1. 项目的目录结构及介绍

Plotsr 项目的目录结构如下：

plotsr/
├── bin/
├── conda/
│   └── recipe/
├── config/
├── example/
├── plotsr/
├── test/
├── .gitignore
├── LICENSE
├── README.md
├── README.rst
└── setup.py

目录结构介绍

• bin/: 存放可执行文件或脚本的目录。
• conda/recipe/: 存放用于 Conda 安装的配置文件。
• config/: 存放项目的配置文件。
• example/: 存放示例数据和示例配置文件。
• plotsr/: 存放 Plotsr 的核心代码。
• test/: 存放测试脚本和测试数据。
• .gitignore: Git 忽略文件配置。
• LICENSE: 项目的开源许可证文件。
• README.md: 项目的 Markdown 格式说明文档。
• README.rst: 项目的 reStructuredText 格式说明文档。
• setup.py: 项目的安装脚本。

2. 项目的启动文件介绍

Plotsr 项目的启动文件是 setup.py。该文件用于安装 Plotsr 工具，并将其添加到系统的环境变量中。

setup.py 文件介绍

setup.py 是一个标准的 Python 安装脚本，用于配置和安装 Python 包。通过运行以下命令可以安装 Plotsr：

python setup.py install

安装完成后，可以通过命令行直接调用 plotsr 命令来使用该工具。

3. 项目的配置文件介绍

Plotsr 项目的配置文件主要存放在 config/ 目录下。配置文件用于定义 Plotsr 工具的运行参数和行为。

配置文件介绍

• config/base.cfg: 基础配置文件，定义了 Plotsr 工具的基本参数，如输出文件格式、图像尺寸等。
• config/genomes.txt: 定义了需要比较的基因组文件路径和相关信息。
• config/tracks.txt: 定义了需要添加到可视化结果中的基因和 SNP 等数据。
• config/markers.bed: 定义了需要标记的特定基因组区域。

配置文件示例

以下是一个 genomes.txt 配置文件的示例：

# 文件路径 标签
A.fa A
B.fa B
C.fa C
D.fa D

该文件定义了四个基因组文件的路径和对应的标签，Plotsr 将根据这些信息进行基因组比较和可视化。

通过以上配置文件，用户可以自定义 Plotsr 工具的行为，生成符合需求的基因组比较图。