【亲测免费】 Cellpose 项目使用教程

2026-01-17 09:11:07作者：袁立春Spencer

Cellpose是一个强大的开源工具，专为细胞和细胞核的自动分割设计，适应性强且用户友好。从基础的图像分析到复杂的图像修复，Cellpose都能应对自如，支持版本迭代带来的新功能，如最新版的图像复原能力。无论是科研人员还是图像分析师，无需编码经验即可优化模型以适配特定数据，实现精准分割。通过直观的图形界面、API或命令行接口，它简化了生物医学成像的处理流程。Cellpose不仅能够显著提升数据分析效率，还能通过其先进算法“cyto3”模型，提供超泛化的细胞识别解决方案。利用Cellpose，研究者可以专注于科学发现，而非繁琐的图像预处理。社区活跃，文档详尽，无论你是新手还是专家，都能够轻松上手，是生物医学领域不可或缺的图像分析伙伴。

项目地址：https://gitcode.com/gh_mirrors/ce/cellpose

1. 项目的目录结构及介绍

Cellpose 项目的目录结构如下：

cellpose/
├── cellpose
│   ├── __init__.py
│   ├── core.py
│   ├── models.py
│   ├── utils.py
│   ├── plot.py
│   ├── io.py
│   ├── gui.py
│   ├── dynamics.py
│   ├── metrics.py
│   ├── transforms.py
│   ├── dataset.py
│   ├── train.py
│   ├── eval.py
│   ├── setup.py
│   ├── Dockerfile
│   ├── requirements.txt
│   ├── README.md
│   ├── LICENSE
│   ├── CONTRIBUTING.md
│   ├── examples
│   │   ├── example1.png
│   │   ├── example2.png
│   │   └── ...
│   ├── docs
│   │   ├── index.md
│   │   ├── installation.md
│   │   ├── usage.md
│   │   └── ...
│   ├── models
│   │   ├── cyto_0
│   │   ├── cyto_1
│   │   └── ...
│   └── tests
│       ├── test_core.py
│       ├── test_models.py
│       └── ...
├── scripts
│   ├── train_model.py
│   ├── eval_model.py
│   └── ...
├── notebooks
│   ├── tutorial.ipynb
│   ├── advanced_usage.ipynb
│   └── ...
└── data
    ├── train
    │   ├── images
    │   └── masks
    ├── test
    │   ├── images
    │   └── masks
    └── ...

目录结构介绍

cellpose/: 项目的主目录，包含了所有的源代码和配置文件。
- cellpose/: 核心代码目录，包含了项目的所有 Python 模块。
  - __init__.py: 初始化文件。
  - core.py: 核心功能模块。
  - models.py: 模型定义模块。
  - utils.py: 工具函数模块。
  - plot.py: 绘图功能模块。
  - io.py: 输入输出模块。
  - gui.py: 图形用户界面模块。
  - dynamics.py: 动态处理模块。
  - metrics.py: 评估指标模块。
  - transforms.py: 数据变换模块。
  - dataset.py: 数据集处理模块。
  - train.py: 训练模块。
  - eval.py: 评估模块。
  - setup.py: 安装配置文件。
  - Dockerfile: Docker 配置文件。
  - requirements.txt: 依赖包列表。
  - README.md: 项目说明文档。
  - LICENSE: 许可证文件。
  - CONTRIBUTING.md: 贡献指南。
  - examples/: 示例图像目录。
  - docs/: 文档目录。
  - models/: 预训练模型目录。
  - tests/: 测试代码目录。
- scripts/: 脚本目录，包含一些辅助脚本。
- notebooks/: Jupyter Notebook 目录，包含一些教程和示例。
- data/: 数据目录，包含训练和测试数据。

2. 项目的启动文件介绍

Cellpose 项目的启动文件是 cellpose/gui.py。这个文件包含了图形用户界面的主入口点，用户可以通过运行这个文件来启动 Cellpose 的 GUI 界面。

python cellpose/gui.py

启动文件介绍

gui.py: 图形用户界面的主入口点，提供了用户友好的界面来操作 Cellpose 的功能。

3. 项目的配置文件介绍

Cellpose 项目的配置文件主要包括 setup.py 和 requirements.txt。

配置文件介绍

setup.py: 安装配置文件，用于项目的打包和安装。
requirements.txt: 依赖包列表，列出了项目运行所需的 Python 包及其版本。

通过这些配置文件，用户可以方便地安装和配置 Cellpose 项目。

pip install -r requirements.txt
python setup.py install

cellpose