AmpliconArchitect 项目安装与使用指南

1. 项目目录结构及介绍

AmpliconArchitect 是一个用于识别和分析基因组区域拷贝数扩增的工具。项目的主要目录结构如下：

AmpliconArchitect/
├── docker/             # 包含Docker相关文件
├── docs/               # 项目文档
├── src/                # 源代码目录
├── .gitignore          # Git忽略文件
├── LICENSE             # 项目许可证
└── README.md           # 项目说明文件

• docker/：包含用于运行AmpliconArchitect的Docker配置文件。
• docs/：存放项目的文档资料。
• src/：包含项目的所有源代码和脚本。
• .gitignore：定义了Git应该忽略的文件和目录。
• LICENSE：项目的开源许可证文件。
• README.md：项目说明文件，提供了项目的基本信息和安装使用指南。

2. 项目的启动文件介绍

项目的启动主要是通过命令行执行相关的Python脚本。以下是一个基本的启动命令示例：

python src/AmpliconArchitect.py --input <输入文件> --output <输出目录>

在实际使用中，需要根据具体的参数和选项来运行AmpliconArchitect。详细的使用方法和参数说明请参考官方文档。

3. 项目的配置文件介绍

AmpliconArchitect 使用配置文件来定义运行时的一些参数，例如输入输出路径、参考基因组等。配置文件通常是.ini格式，示例如下：

[input]
fastq1 = /path/to/fastq1.fq.gz
fastq2 = /path/to/fastq2.fq.gz

[output]
output_dir = /path/to/output

[reference]
genome = /path/to/reference_genome.fa

在配置文件中，[input]部分定义了输入文件的位置，[output]部分定义了输出目录的位置，而[reference]部分定义了参考基因组文件的路径。运行AmpliconArchitect之前，需要确保这些路径是正确设置的。

以上指南提供了AmpliconArchitect项目的目录结构、启动文件和配置文件的基本介绍，用户可以根据这些信息来安装和使用该工具。更多详细的安装和使用说明，请参考项目的官方文档。