Boltz MSA服务器认证攻略：两种身份验证方式详解

2026-02-05 05:31:29作者：廉皓灿Ida

在使用Boltz进行生物分子相互作用预测时，当启用--use_msa_server选项自动生成MSA（多序列比对）时，部分服务器可能要求身份验证。本文将详细介绍两种官方支持的认证方式，帮助用户快速解决MSA服务器访问权限问题。

MSA服务器认证概述

MSA（Multiple Sequence Alignment，多序列比对）是Boltz模型预测蛋白质结构的关键输入。Boltz通过--use_msa_server选项可自动从服务器获取MSA数据，而部分私有或商业服务器要求用户进行身份验证。根据官方文档，Boltz支持两种标准化认证方式：基础认证（Basic Authentication）和API密钥认证（API Key Authentication）。

方式一：基础认证（Basic Authentication）

基础认证是最常用的HTTP认证方式，通过用户名和密码验证用户身份。Boltz提供两种传递凭证的途径，推荐优先使用环境变量方式以避免密码明文暴露。

环境变量配置法

在终端中设置环境变量：

export BOLTZ_MSA_USERNAME=your_username
export BOLTZ_MSA_PASSWORD=your_secure_password

运行预测命令时自动读取凭证：

boltz predict examples/ligand.yaml --use_msa_server

命令行参数法

直接在命令中指定用户名和密码（不推荐生产环境使用）：

boltz predict examples/ligand.yaml --use_msa_server \
  --msa_server_username your_username \
  --msa_server_password your_secure_password

安全提示：环境变量方式会在终端会话结束后自动清除凭证，而命令行参数可能会被系统日志记录。生产环境建议使用环境变量或密钥管理服务。

方式二：API密钥认证（API Key Authentication）

API密钥认证通过自定义HTTP头部传递密钥，适用于支持令牌式访问的MSA服务器。Boltz允许灵活配置头部名称和密钥值，兼容各类服务器的API密钥规范。

基础用法

使用--api_key_header指定头部名称（默认X-API-Key），--api_key_value提供密钥值：

boltz predict examples/prot.yaml --use_msa_server \
  --api_key_header X-API-Key \
  --api_key_value your_secure_api_key

环境变量配置

通过环境变量存储密钥，避免命令行暴露：

export MSA_API_KEY_VALUE=your_secure_api_key
boltz predict examples/prot.yaml --use_msa_server --api_key_header X-API-Key

自定义头部示例

对于使用非标准头部的服务器（如Authorization: Bearer <token>），可按如下配置：

boltz predict examples/multimer.yaml --use_msa_server \
  --api_key_header Authorization \
  --api_key_value "Bearer your_jwt_token"

认证方式对比与最佳实践

认证方式	优势	适用场景	安全级别
基础认证	实现简单，兼容性广	内部测试服务器	中（需HTTPS）
API密钥认证	支持细粒度权限控制，可轮换密钥	生产环境、第三方服务	高（密钥可撤销）

关键注意事项

凭证优先级：命令行参数优先级高于环境变量，同时设置时以参数为准
互斥性：基础认证与API密钥认证不可同时使用，否则会触发参数冲突错误
服务器配置：默认MSA服务器地址为https://api.colabfold.com，可通过--msa_server_url指定私有服务器

常见问题解决

认证失败错误排查

检查凭证有效性：通过curl命令验证服务器连通性：

# 基础认证测试
curl -u username:password https://msa-server.com/health

# API密钥测试
curl -H "X-API-Key: your_key" https://msa-server.com/health

确认MSA服务器URL：使用--msa_server_url指定正确的服务器地址：
```
boltz predict ... --msa_server_url https://your-private-msa-server.com
```
查看详细日志：添加--debug选项获取HTTP请求详情：
```
boltz predict ... --use_msa_server --debug
```

MSA生成失败处理

若认证成功但MSA生成失败，可能是序列格式问题。可尝试提供预计算MSA文件：

# 示例：使用本地MSA文件 [examples/prot_custom_msa.yaml](https://gitcode.com/GitHub_Trending/bo/boltz/blob/cb04aeccdd480fd4db707f0bbafde538397fa2ac/examples/prot_custom_msa.yaml?utm_source=gitcode_repo_files)
sequences:
  - protein:
      id: A
      sequence: MSAKVG...
      msa: examples/msa/seq1.a3m  # 本地A3M格式MSA文件