CheckM 项目使用教程

1. 项目目录结构及介绍

CheckM 项目的目录结构如下：

CheckM/
├── bin/
│   ├── checkm
│   └── ...
├── custom_marker_sets/
│   └── ...
├── scripts/
│   └── ...
├── .gitignore
├── CHANGES.txt
├── CONTRIBUTING
├── LICENSE
├── MANIFEST
├── MANIFEST.in
├── README.md
├── setup.py
└── ...

目录结构介绍

• bin/: 包含 CheckM 的可执行文件和相关脚本。
• custom_marker_sets/: 自定义标记集的目录，用户可以在此添加自定义的标记集。
• scripts/: 包含项目中使用的各种脚本文件。
• .gitignore: Git 忽略文件，指定哪些文件或目录不需要被 Git 管理。
• CHANGES.txt: 项目变更日志文件，记录每次版本更新的详细信息。
• CONTRIBUTING: 贡献指南文件，指导开发者如何为项目做出贡献。
• LICENSE: 项目许可证文件，说明项目的开源许可证类型。
• MANIFEST: 项目清单文件，列出所有需要包含在发布包中的文件。
• MANIFEST.in: 项目清单配置文件，指定哪些文件需要包含在发布包中。
• README.md: 项目说明文件，包含项目的概述、安装和使用说明。
• setup.py: Python 项目的安装脚本，用于配置和安装项目。

2. 项目启动文件介绍

CheckM 项目的启动文件位于 bin/ 目录下，主要启动文件是 checkm。

启动文件介绍

• checkm: 这是 CheckM 的主启动脚本，用户可以通过命令行运行此脚本来启动 CheckM 工具。

启动 CheckM 的命令示例如下：

./bin/checkm

3. 项目的配置文件介绍

CheckM 项目的配置文件主要包括 setup.py 和 MANIFEST.in。

配置文件介绍

• setup.py: 这是一个 Python 脚本，用于配置和安装 CheckM 项目。它定义了项目的元数据、依赖项、安装脚本等信息。用户可以通过运行此脚本来安装 CheckM。

  示例命令：

  python setup.py install
  

• MANIFEST.in: 这是一个清单配置文件，用于指定哪些文件需要包含在项目的发布包中。它通常用于确保所有必要的文件都被正确打包和分发。

  示例内容：

  include README.md
  include LICENSE
  include CHANGES.txt
  include CONTRIBUTING
  include MANIFEST
  include MANIFEST.in
  include setup.py
  recursive-include bin *
  recursive-include custom_marker_sets *
  recursive-include scripts *
  

通过以上配置文件，用户可以确保 CheckM 项目在安装和分发过程中包含所有必要的文件和资源。