首页
/ DeepMD-kit对LAMMPS中atom_style full的支持分析

DeepMD-kit对LAMMPS中atom_style full的支持分析

2025-07-10 13:22:28作者:翟萌耘Ralph

背景介绍

DeepMD-kit作为一款基于深度学习的分子动力学模拟工具,能够与LAMMPS等主流分子动力学软件进行集成。在实际模拟中,用户有时需要使用LAMMPS的不同原子样式(atom_style)来满足特定模拟需求。

atom_style full的特点与应用场景

atom_style full是LAMMPS中一种较为全面的原子样式,它包含了原子ID、分子ID、原子类型、电荷量以及坐标信息。这种样式特别适用于需要处理带电体系的模拟场景,例如:

  1. 外加电场下的分子动力学模拟
  2. 电解质溶液体系研究
  3. 离子输运过程模拟

DeepMD-kit的支持情况

DeepMD-kit在源代码中已经包含了对atom_style full的测试用例,这表明该功能已经得到官方支持。测试验证了以下关键点:

  1. 标准DP模型可以正确处理full原子样式
  2. 能量预测不受电荷信息影响
  3. 电荷信息仅用于感受外部电场力

技术实现细节

在实现层面,DeepMD-kit通过以下方式确保兼容性:

  1. 解析输入数据时自动识别原子样式
  2. 对电荷信息进行适当处理,不影响模型预测
  3. 保持与LAMMPS数据结构的无缝对接

使用建议

对于需要在电场环境下进行模拟的用户,可以放心使用atom_style full样式。DeepMD-kit会正确处理其中的电荷信息,同时保证能量预测的准确性。需要注意的是:

  1. 电荷值不会影响模型本身的预测
  2. 电场力将由LAMMPS单独计算
  3. 建议通过测试案例验证具体实现

总结

DeepMD-kit对LAMMPS中atom_style full的完整支持,为研究带电体系提供了便利。这一功能使得用户可以在保持深度学习模型预测精度的同时,灵活地引入外部电场等效应,拓展了DeepMD-kit在复杂体系模拟中的应用范围。

登录后查看全文
热门项目推荐
相关项目推荐

最新内容推荐

项目优选

收起
docsdocs
OpenHarmony documentation | OpenHarmony开发者文档
Dockerfile
139
1.91 K
kernelkernel
deepin linux kernel
C
22
6
nop-entropynop-entropy
Nop Platform 2.0是基于可逆计算理论实现的采用面向语言编程范式的新一代低代码开发平台,包含基于全新原理从零开始研发的GraphQL引擎、ORM引擎、工作流引擎、报表引擎、规则引擎、批处理引引擎等完整设计。nop-entropy是它的后端部分,采用java语言实现,可选择集成Spring框架或者Quarkus框架。中小企业可以免费商用
Java
8
0
ohos_react_nativeohos_react_native
React Native鸿蒙化仓库
C++
192
273
RuoYi-Vue3RuoYi-Vue3
🎉 (RuoYi)官方仓库 基于SpringBoot,Spring Security,JWT,Vue3 & Vite、Element Plus 的前后端分离权限管理系统
Vue
923
551
openHiTLSopenHiTLS
旨在打造算法先进、性能卓越、高效敏捷、安全可靠的密码套件,通过轻量级、可剪裁的软件技术架构满足各行业不同场景的多样化要求,让密码技术应用更简单,同时探索后量子等先进算法创新实践,构建密码前沿技术底座!
C
421
392
openGauss-serveropenGauss-server
openGauss kernel ~ openGauss is an open source relational database management system
C++
145
189
金融AI编程实战金融AI编程实战
为非计算机科班出身 (例如财经类高校金融学院) 同学量身定制,新手友好,让学生以亲身实践开源开发的方式,学会使用计算机自动化自己的科研/创新工作。案例以量化投资为主线,涉及 Bash、Python、SQL、BI、AI 等全技术栈,培养面向未来的数智化人才 (如数据工程师、数据分析师、数据科学家、数据决策者、量化投资人)。
Jupyter Notebook
74
64
Cangjie-ExamplesCangjie-Examples
本仓将收集和展示高质量的仓颉示例代码,欢迎大家投稿,让全世界看到您的妙趣设计,也让更多人通过您的编码理解和喜爱仓颉语言。
Cangjie
344
1.3 K
easy-eseasy-es
Elasticsearch 国内Top1 elasticsearch搜索引擎框架es ORM框架,索引全自动智能托管,如丝般顺滑,与Mybatis-plus一致的API,屏蔽语言差异,开发者只需要会MySQL语法即可完成对Es的相关操作,零额外学习成本.底层采用RestHighLevelClient,兼具低码,易用,易拓展等特性,支持es独有的高亮,权重,分词,Geo,嵌套,父子类型等功能...
Java
36
8