LOOS 项目安装与使用教程

1. 项目目录结构及介绍

LOOS 项目的目录结构如下：

loos/
├── CMakeLists.txt
├── CODE_OF_CONDUCT.md
├── COPYING
├── ChangeLog
├── INSTALL.md
├── README.md
├── conda_build.sh
├── fullhelper.py
├── loos.dox
├── loos_setup.csh
├── loos_setup.sh
├── src/
│   ├── loos/
│   ├── Tools/
│   └── Packages/
│       ├── Clustering/
│       ├── Convergence/
│       ├── ElasticNetworks/
│       ├── HydrogenBonds/
│       ├── PyLOOS/
│       ├── User/
│       └── Voronoi/
├── share/
└── utils/

目录结构介绍

• CMakeLists.txt: 项目的 CMake 构建配置文件。
• CODE_OF_CONDUCT.md: 项目的行为准则文件。
• COPYING: 项目的许可证文件。
• ChangeLog: 项目的变更日志文件。
• INSTALL.md: 项目的安装指南文件。
• README.md: 项目的介绍和使用说明文件。
• conda_build.sh: Conda 构建脚本。
• fullhelper.py: 项目辅助脚本。
• loos.dox: Doxygen 配置文件，用于生成文档。
• loos_setup.csh: 项目设置脚本（C shell）。
• loos_setup.sh: 项目设置脚本（Bash shell）。
• src/: 包含项目的源代码，包括 C++ 库、工具和 Python 绑定。
  • loos/: C++ 库的源代码。
  • Tools/: C++ 编写的应用程序。
  • Packages/: 包含额外的工具集，如聚类分析、弹性网络分析等。
• share/: 包含与特定工具相关的数据文件。
• utils/: 包含项目的实用工具。

2. 项目启动文件介绍

LOOS 项目的启动文件主要集中在 src/ 目录下，特别是 src/loos/ 和 src/Tools/ 目录。以下是一些关键的启动文件：

• src/loos/loos.cpp: 这是 LOOS 库的主入口文件，包含了库的核心功能实现。
• src/Tools/example_tool.cpp: 这是一个示例工具文件，展示了如何使用 LOOS 库编写新的分析工具。
• src/Packages/PyLOOS/example_script.py: 这是一个示例 Python 脚本，展示了如何使用 LOOS 的 Python 绑定进行分析。

3. 项目的配置文件介绍

LOOS 项目的配置文件主要包括以下几个：

• CMakeLists.txt: 这是 CMake 的配置文件，用于配置项目的构建过程。它定义了项目的源文件、依赖库、编译选项等。
• loos.dox: 这是 Doxygen 的配置文件，用于生成项目的文档。它定义了文档的生成方式、包含的源文件、输出格式等。
• conda_build.sh: 这是 Conda 构建脚本，用于配置和构建 Conda 包。它定义了 Conda 环境的依赖、构建步骤等。

通过这些配置文件，用户可以自定义项目的构建和文档生成过程，以适应不同的开发环境和需求。