IQ-TREE 项目安装与使用教程
2025-04-22 00:35:53作者:曹令琨Iris
1. 项目目录结构及介绍
IQ-TREE 是一个用于进行 phylogenetic 分析的开源软件。以下是项目的目录结构及其简要介绍:
IQ-TREE
├── bin/ # 存放编译后的可执行文件
├── doc/ # 存放项目文档
├── include/ # 存放项目所需的头文件
├── lib/ # 存放项目所需的库文件
├── scripts/ # 存放项目相关的脚本文件
├── src/ # 源代码目录,包含项目的所有源代码
├── test/ # 测试代码和测试数据
├── .gitignore # 指定 Git 忽略的文件和目录
├── CMakeLists.txt # CMake 构建系统的配置文件
├── INSTALL # 安装指南
├── LICENSE # 项目许可证
├── README.md # 项目说明文件
└── TODO # 项目待办事项列表
2. 项目的启动文件介绍
项目的启动主要通过 bin
目录下的可执行文件 iqtree
。这个文件是项目编译完成后生成的,可以直接在命令行中运行。
运行启动文件的基本命令如下:
./bin/iqtree -s input.fas -m GTR+G
其中 -s
参数指定输入的序列文件,-m
参数指定使用的模型。
3. 项目的配置文件介绍
IQ-TREE 的配置文件通常是通过命令行参数进行设置。如果需要进行复杂的配置,可以创建一个配置文件,并在运行 IQ-TREE 时通过 -c
参数指定该文件。
配置文件通常是一个简单的文本文件,包含了一系列的参数和对应的值,如下所示:
# IQ-TREE 配置文件示例
sequence_type = AA # 序列类型,可以是 DNA 或 AA
model = GTR+G # 模型选择
prefix = result # 输出文件的前缀
用户可以根据自己的需要,在配置文件中设置不同的参数。运行 IQ-TREE 时,指定配置文件的命令如下:
./bin/iqtree -c config.txt
以上是 IQ-TREE 的安装与使用基础教程,通过上述步骤,用户可以快速上手并开始使用 IQ-TREE 进行 phylogenetic 分析。
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