Scanpy 开源项目教程

1. 项目的目录结构及介绍

Scanpy 项目的目录结构如下：

scanpy/
├── .github/
├── docs/
├── scanpy/
│   ├── _settings.py
│   ├── _compat.py
│   ├── _utils.py
│   ├── __init__.py
│   ├── api/
│   ├── datasets/
│   ├── external/
│   ├── logging.py
│   ├── plotting/
│   ├── preprocessing/
│   ├── tools/
│   ├── utils.py
│   └── readwrite.py
├── tests/
├── .gitignore
├── LICENSE
├── MANIFEST.in
├── README.md
├── setup.cfg
├── setup.py
└── requirements.txt

目录结构介绍

• .github/: 包含 GitHub 相关的配置文件，如 issue 模板和 pull request 模板。
• docs/: 包含项目的文档文件，通常是 Markdown 格式。
• scanpy/: 核心代码目录，包含项目的所有源代码文件。
  • _settings.py: 配置文件，用于设置项目的全局参数。
  • _compat.py: 兼容性文件，处理不同 Python 版本之间的兼容性问题。
  • _utils.py: 工具函数文件，包含一些通用的辅助函数。
  • __init__.py: 包初始化文件，使目录成为一个 Python 包。
  • api/: API 接口目录，包含项目的 API 相关文件。
  • datasets/: 数据集目录，包含一些示例数据集。
  • external/: 外部工具目录，包含一些外部工具和插件。
  • logging.py: 日志记录文件，用于记录项目的运行日志。
  • plotting/: 绘图工具目录，包含一些绘图相关的函数和类。
  • preprocessing/: 预处理工具目录，包含一些数据预处理函数。
  • tools/: 工具目录，包含一些高级分析工具。
  • utils.py: 工具函数文件，包含一些通用的辅助函数。
  • readwrite.py: 读写工具文件，包含一些数据读写函数。
• tests/: 测试目录，包含项目的单元测试和集成测试文件。
• .gitignore: Git 忽略文件，指定 Git 忽略的文件和目录。
• LICENSE: 许可证文件，指定项目的开源许可证。
• MANIFEST.in: 清单文件，指定打包时包含的文件。
• README.md: 项目说明文件，包含项目的介绍和使用说明。
• setup.cfg: 安装配置文件，包含项目的安装配置信息。
• setup.py: 安装脚本文件，用于安装项目。
• requirements.txt: 依赖文件，列出项目依赖的第三方库。

2. 项目的启动文件介绍

Scanpy 项目的启动文件是 scanpy/__init__.py。这个文件是 Scanpy 包的入口点，负责初始化包并导入必要的模块和函数。

# scanpy/__init__.py

from ._settings import settings, Verbosity  # 导入配置和日志级别
from . import datasets  # 导入数据集模块
from . import external  # 导入外部工具模块
from . import logging  # 导入日志模块
from . import plotting  # 导入绘图模块
from . import preprocessing  # 导入预处理模块
from . import tools  # 导入工具模块
from . import utils  # 导入工具函数模块
from . import readwrite  # 导入读写工具模块

# 设置版本号
__version__ = '1.9.1'

# 设置包的名称
__author__ = ', '.join([
    'Alex Wolf',
    'Philipp Angerer',
    'Fidel Ramirez',
    'Isaac Virshup',
    'Sergei Rybakov',
    'Gokcen Eraslan',
    'Tom White',
    'Malte Luecken',
    'Davide Cittaro',
    'Tobias Callies',
    'Marius Lange',
    'Andrés R. Muñoz-Rojas',
])

# 设置包的描述
__email__ = '[e-mail]'
__description__ = 'Single-