首页
/ GW 项目下载及安装教程

GW 项目下载及安装教程

2024-12-08 06:00:02作者:段琳惟

1. 项目介绍

GW 是一个快速浏览基因组测序数据(bam/cram 格式)的终端工具。它不仅支持直接从终端查看基因组数据,还允许用户查看和注释来自 vcf/bcf 文件的变异信息。GW 的设计旨在提供高效的基因组数据浏览和变异注释功能。

2. 项目下载位置

要下载 GW 项目,请访问 GitHub 上的项目仓库。项目的 Git 仓库地址为:

https://github.com/kcleal/gw.git

你可以使用以下命令克隆项目到本地:

git clone https://github.com/kcleal/gw.git

3. 项目安装环境配置

在安装 GW 之前,你需要确保系统中已经安装了必要的依赖项。以下是安装环境配置的步骤:

3.1 安装 Conda

GW 推荐使用 Conda 来管理依赖项。如果你还没有安装 Conda,可以通过以下命令安装 Miniconda:

wget https://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

3.2 创建 Conda 环境

创建一个新的 Conda 环境并激活它:

conda create -y -n gw_env -c conda-forge glfw htslib
conda activate gw_env

3.3 依赖项安装示例

以下是安装依赖项的示例图片:

Conda 环境创建示例

4. 项目安装方式

4.1 使用包管理器安装

你可以使用 Conda 或 Homebrew 来安装 GW:

# 使用 Conda 安装
conda install -c bioconda -c conda-forge gw

# 使用 Homebrew 安装
brew install kcleal/homebrew-gw/gw

4.2 从源码构建

如果你希望从源码构建 GW,请按照以下步骤操作:

git clone https://github.com/kcleal/gw.git
cd gw
make prep
CONDA_PREFIX=$(conda info --base) LDLIBS+="-lcrypto -lssl" make -j4

5. 项目处理脚本

GW 提供了多种命令行工具来处理基因组数据和变异信息。以下是一些常用的命令示例:

5.1 启动 GW

# 启动 GW 并加载 hg38 参考基因组
gw hg38

5.2 查看特定区域

# 查看 chr1 的起始部分
gw hg38 -b your_bam -r chr1

5.3 添加 BED/VCF/BCF 轨道

# 添加 BED 轨道
gw hg38 -b your_bam -r chr1 --track a.bed

5.4 保存输出为 PNG 或 PDF

# 保存输出为 PNG
gw hg38 -b your_bam -r chr1:1-20000 -n > out.png

# 保存输出为 PDF
gw hg38 -b your_bam -r chr1:1-20000 -n --fmt pdf -f out.pdf

通过以上步骤,你可以成功下载、安装并使用 GW 项目来处理基因组数据和变异信息。

登录后查看全文
热门项目推荐

项目优选

收起
kernelkernel
deepin linux kernel
C
22
6
docsdocs
OpenHarmony documentation | OpenHarmony开发者文档
Dockerfile
192
2.15 K
nop-entropynop-entropy
Nop Platform 2.0是基于可逆计算理论实现的采用面向语言编程范式的新一代低代码开发平台,包含基于全新原理从零开始研发的GraphQL引擎、ORM引擎、工作流引擎、报表引擎、规则引擎、批处理引引擎等完整设计。nop-entropy是它的后端部分,采用java语言实现,可选择集成Spring框架或者Quarkus框架。中小企业可以免费商用
Java
9
1
金融AI编程实战金融AI编程实战
为非计算机科班出身 (例如财经类高校金融学院) 同学量身定制,新手友好,让学生以亲身实践开源开发的方式,学会使用计算机自动化自己的科研/创新工作。案例以量化投资为主线,涉及 Bash、Python、SQL、BI、AI 等全技术栈,培养面向未来的数智化人才 (如数据工程师、数据分析师、数据科学家、数据决策者、量化投资人)。
Python
78
72
RuoYi-Vue3RuoYi-Vue3
🎉 (RuoYi)官方仓库 基于SpringBoot,Spring Security,JWT,Vue3 & Vite、Element Plus 的前后端分离权限管理系统
Vue
969
572
ops-mathops-math
本项目是CANN提供的数学类基础计算算子库,实现网络在NPU上加速计算。
C++
547
76
Cangjie-ExamplesCangjie-Examples
本仓将收集和展示高质量的仓颉示例代码,欢迎大家投稿,让全世界看到您的妙趣设计,也让更多人通过您的编码理解和喜爱仓颉语言。
Cangjie
349
1.35 K
giteagitea
喝着茶写代码!最易用的自托管一站式代码托管平台,包含Git托管,代码审查,团队协作,软件包和CI/CD。
Go
17
0
ohos_react_nativeohos_react_native
React Native鸿蒙化仓库
C++
205
284
leetcodeleetcode
🔥LeetCode solutions in any programming language | 多种编程语言实现 LeetCode、《剑指 Offer(第 2 版)》、《程序员面试金典(第 6 版)》题解
Java
60
17