Seqtk 技术手册

Seqtk 是一个高效且轻量级的工具，专为处理 FASTA 或 FASTQ 格式的序列数据而设计。本手册将引导您完成从安装到应用的一系列步骤，并提供详细的 API 使用说明。

安装指南

要安装 Seqtk，您需要首先确保您的系统上已经配备了 Git 和 zlib 开发库。然后，按照以下步骤进行：

# 克隆仓库
git clone https://github.com/lh3/seqtk.git
# 进入项目目录
cd seqtk
# 编译安装
make

编译完成后，seqtk 命令行工具将会在 seqtk 目录下生成，您可以将其路径添加到环境变量以方便全局访问。

项目的使用说明

Seqtk 提供了多样的功能来应对不同场景下的序列处理需求，以下是几个常用操作的例子：

转换格式与基础操作

• 转换 FASTQ 到 FASTA:

  seqtk seq -a in.fq.gz > out.fa
  

• 质量过滤（将低质量碱基转小写或替换为 N）:

  # 将质量低于20的碱基转为小写
  seqtk seq -aQ64 -q20 in.fq > out.fa
  
  # 替换成 N
  seqtk seq -aQ64 -q20 -n N in.fq > out.fa
  

处理文件格式

• 折叠长行并移除注释:

  seqtk seq -Cl60 in.fa > out.fa
  

• 将多行FASTQ转换为标准格式:

  seqtk seq -l0 in.fq > out.fq
  

特定任务处理

• 提取特定名称的序列:

  seqtk subseq in.fq name.lst > out.fq
  

• 基于 BED 文件提取区域:

  seqtk subseq in.fa reg.bed > out.fa
  

高级功能

• 逆互补序列:

  seqtk seq -r in.fq > out.fq
  

• 子样本抽样:

  seqtk sample -s100 read1.fq 10000 > sub1.fq
  seqtk sample -s100 read2.fq 10000 > sub2.fq
  

• 低质量边缘剪切:

  seqtk trimfq in.fq > out.fq
  seqtk trimfq -b 5 -e 10 in.fa > out.fa # 分别剪切左右端
  

• 寻找 Telomere 序列:

  seqtk telo seq.fa > telo.bed 2> telo.count
  

项目API使用文档

Seqtk 的“API”主要通过命令行参数实现，以上示例即为其实现方式。每个功能通过不同的命令行选项触发，如 -a、-q、-n 等，具体含义已在使用例子中阐述。用户可以通过结合不同的选项来定制处理流程。

项目安装方式

前面已详细描述，但重申一下简单步骤：

1. 使用 Git 克隆仓库。
2. 切换到下载的目录。
3. 执行 make 命令进行编译。

至此，您已具备完全利用 Seqtk 的能力。记住，强大的功能源自灵活的参数组合，探索和实验是掌握其精髓的关键。