【亲测免费】 推荐开源项目：Cutadapt - 高效的序列剪接工具

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项目简介

Cutadapt 是一个功能强大的工具，用于从高通量测序读取数据中去除适配器序列、引物、多聚A尾和其他不需要的序列。这个开源项目由 Python 编写，并在 MIT 许可下分发。它最初由 TU Dortmund University 开发，目前由 NBIS（瑞典国家生物信息基础设施）进行维护和开发。

项目技术分析

Cutadapt 的核心特性在于其错误容忍的匹配算法，能够识别并移除含有IUPAC野生卡片字符的适配器序列。这使得即使在有少量错误或变异的情况下也能准确地找到和修剪目标序列。此外，Cutadapt 支持对单端和双端测序数据进行多种修改和过滤操作，包括但不限于：

• 精确查找和切除：针对完全匹配的序列。
• 模糊查找和切除：允许一定数量的错配或缺失。
• 截断处理：按长度或质量得分来修剪读取两端。
• demultiplexing：自动对多重标记的样品进行分离。

项目及技术应用场景

Cutadapt 在多个生物信息学领域都有广泛的应用：

• 小RNA测序：去除3'末端的测序适配器以获得纯净的小分子RNA序列。
• amplicon测序：移除起始引物以获取纯目的基因序列。
• **转录