HUMAP项目教程

1. 项目目录结构及介绍

HUMAP项目的目录结构如下所示：

humap/
├── .github/
│   └── workflows/
├── conda_ci/
├── evaluation/
├── humap/
├── images/
├── notebooks/
├── src/
│   ├── cpp/
│   └── tests/
├── .gitattributes
├── .gitignore
├── Dockerfile
├── LICENSE
├── README.md
├── minimal_test.py
├── pyproject.toml
├── setup.py
└── to-compile.txt

• .github/workflows/：包含GitHub Actions的工作流文件，用于自动化测试和构建等。
• conda_ci/：可能包含conda构建和测试的脚本。
• evaluation/：评估和测试项目性能的相关文件。
• humap/：项目的主要源代码目录。
• images/：存储项目相关的图片文件。
• notebooks/：Jupyter笔记本文件，用于展示项目示例和教程。
• src/：源代码目录，包含C++实现的UMAP。
• tests/：单元测试和集成测试的代码。
• .gitattributes：定义Git仓库中文件的属性。
• .gitignore：定义Git应该忽略的文件和目录。
• Dockerfile：用于创建Docker镜像的文件。
• LICENSE：项目使用的许可证文件。
• README.md：项目说明文件。
• minimal_test.py：一个简单的测试脚本。
• pyproject.toml：定义项目的构建系统和依赖。
• setup.py：Python的安装脚本，用于安装项目。
• to-compile.txt：可能包含需要编译的文件列表。

2. 项目的启动文件介绍

项目的启动文件通常是minimal_test.py，这是一个Python脚本，用于执行项目的最小测试，确保基本功能正常工作。以下是启动文件的基本结构：

import humap
from sklearn.datasets import fetch_openml
import numpy as np

# 加载测试数据
X, y = fetch_openml('mnist_784', version=1, return_X_y=True)
X = X.values
y = y.to_numpy().astype(int)

# 创建HUMAP对象
hUmap = humap.HUMAP(np.array([0.2, 0.2]))

# 训练HUMAP模型
hUmap.fit(X, y)

# 获取第2层的嵌入
embedding2 = hUmap.transform(2)

# 你可以在这里添加更多的代码来测试和验证HUMAP的功能

3. 项目的配置文件介绍

HUMAP项目的配置文件主要是setup.py，它是一个标准的Python包配置文件，用于描述如何安装和分发Python包。以下是配置文件的基本内容：

from setuptools import setup, find_packages

setup(
    name='humap',
    version='0.2.8',
    packages=find_packages(),
    install_requires=[
        'numpy',
        'scipy',
        'scikit-learn',
        'pybind11',
        'pynndescent'
    ],
    # 其他元数据和配置
)

在这个配置文件中，我们定义了项目的名称、版本、包含的包、依赖的库等信息。当使用pip install .或pip install humap时，setup.py文件会被用来安装项目及其依赖项。