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HUMAP项目教程

2025-04-15 21:24:47作者:苗圣禹Peter

1. 项目目录结构及介绍

HUMAP项目的目录结构如下所示:

humap/
├── .github/
│   └── workflows/
├── conda_ci/
├── evaluation/
├── humap/
├── images/
├── notebooks/
├── src/
│   ├── cpp/
│   └── tests/
├── .gitattributes
├── .gitignore
├── Dockerfile
├── LICENSE
├── README.md
├── minimal_test.py
├── pyproject.toml
├── setup.py
└── to-compile.txt
  • .github/workflows/:包含GitHub Actions的工作流文件,用于自动化测试和构建等。
  • conda_ci/:可能包含conda构建和测试的脚本。
  • evaluation/:评估和测试项目性能的相关文件。
  • humap/:项目的主要源代码目录。
  • images/:存储项目相关的图片文件。
  • notebooks/:Jupyter笔记本文件,用于展示项目示例和教程。
  • src/:源代码目录,包含C++实现的UMAP。
  • tests/:单元测试和集成测试的代码。
  • .gitattributes:定义Git仓库中文件的属性。
  • .gitignore:定义Git应该忽略的文件和目录。
  • Dockerfile:用于创建Docker镜像的文件。
  • LICENSE:项目使用的许可证文件。
  • README.md:项目说明文件。
  • minimal_test.py:一个简单的测试脚本。
  • pyproject.toml:定义项目的构建系统和依赖。
  • setup.py:Python的安装脚本,用于安装项目。
  • to-compile.txt:可能包含需要编译的文件列表。

2. 项目的启动文件介绍

项目的启动文件通常是minimal_test.py,这是一个Python脚本,用于执行项目的最小测试,确保基本功能正常工作。以下是启动文件的基本结构:

import humap
from sklearn.datasets import fetch_openml
import numpy as np

# 加载测试数据
X, y = fetch_openml('mnist_784', version=1, return_X_y=True)
X = X.values
y = y.to_numpy().astype(int)

# 创建HUMAP对象
hUmap = humap.HUMAP(np.array([0.2, 0.2]))

# 训练HUMAP模型
hUmap.fit(X, y)

# 获取第2层的嵌入
embedding2 = hUmap.transform(2)

# 你可以在这里添加更多的代码来测试和验证HUMAP的功能

3. 项目的配置文件介绍

HUMAP项目的配置文件主要是setup.py,它是一个标准的Python包配置文件,用于描述如何安装和分发Python包。以下是配置文件的基本内容:

from setuptools import setup, find_packages

setup(
    name='humap',
    version='0.2.8',
    packages=find_packages(),
    install_requires=[
        'numpy',
        'scipy',
        'scikit-learn',
        'pybind11',
        'pynndescent'
    ],
    # 其他元数据和配置
)

在这个配置文件中,我们定义了项目的名称、版本、包含的包、依赖的库等信息。当使用pip install .pip install humap时,setup.py文件会被用来安装项目及其依赖项。

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