HUMAP项目教程
2025-04-15 21:24:47作者:苗圣禹Peter
1. 项目目录结构及介绍
HUMAP项目的目录结构如下所示:
humap/
├── .github/
│ └── workflows/
├── conda_ci/
├── evaluation/
├── humap/
├── images/
├── notebooks/
├── src/
│ ├── cpp/
│ └── tests/
├── .gitattributes
├── .gitignore
├── Dockerfile
├── LICENSE
├── README.md
├── minimal_test.py
├── pyproject.toml
├── setup.py
└── to-compile.txt
.github/workflows/
:包含GitHub Actions的工作流文件,用于自动化测试和构建等。conda_ci/
:可能包含conda构建和测试的脚本。evaluation/
:评估和测试项目性能的相关文件。humap/
:项目的主要源代码目录。images/
:存储项目相关的图片文件。notebooks/
:Jupyter笔记本文件,用于展示项目示例和教程。src/
:源代码目录,包含C++实现的UMAP。tests/
:单元测试和集成测试的代码。.gitattributes
:定义Git仓库中文件的属性。.gitignore
:定义Git应该忽略的文件和目录。Dockerfile
:用于创建Docker镜像的文件。LICENSE
:项目使用的许可证文件。README.md
:项目说明文件。minimal_test.py
:一个简单的测试脚本。pyproject.toml
:定义项目的构建系统和依赖。setup.py
:Python的安装脚本,用于安装项目。to-compile.txt
:可能包含需要编译的文件列表。
2. 项目的启动文件介绍
项目的启动文件通常是minimal_test.py
,这是一个Python脚本,用于执行项目的最小测试,确保基本功能正常工作。以下是启动文件的基本结构:
import humap
from sklearn.datasets import fetch_openml
import numpy as np
# 加载测试数据
X, y = fetch_openml('mnist_784', version=1, return_X_y=True)
X = X.values
y = y.to_numpy().astype(int)
# 创建HUMAP对象
hUmap = humap.HUMAP(np.array([0.2, 0.2]))
# 训练HUMAP模型
hUmap.fit(X, y)
# 获取第2层的嵌入
embedding2 = hUmap.transform(2)
# 你可以在这里添加更多的代码来测试和验证HUMAP的功能
3. 项目的配置文件介绍
HUMAP项目的配置文件主要是setup.py
,它是一个标准的Python包配置文件,用于描述如何安装和分发Python包。以下是配置文件的基本内容:
from setuptools import setup, find_packages
setup(
name='humap',
version='0.2.8',
packages=find_packages(),
install_requires=[
'numpy',
'scipy',
'scikit-learn',
'pybind11',
'pynndescent'
],
# 其他元数据和配置
)
在这个配置文件中,我们定义了项目的名称、版本、包含的包、依赖的库等信息。当使用pip install .
或pip install humap
时,setup.py
文件会被用来安装项目及其依赖项。
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