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DBDA-Python 项目使用教程

2024-09-23 14:12:38作者:尤辰城Agatha

1. 项目的目录结构及介绍

DBDA-Python 项目的目录结构如下:

DBDA-python/
├── Notebooks/
│   ├── Chapter_09_Hierarchical_Models.ipynb
│   ├── Chapter_10_Model_Comparison_and_Hierarchical_Modelling.ipynb
│   ├── ...
├── .gitignore
├── LICENSE
├── README.md

目录结构介绍

  • Notebooks/: 该目录包含了多个 Jupyter Notebook 文件,每个文件对应《Doing Bayesian Data Analysis: A Tutorial with R, JAGS, and Stan》第二版中的一个章节。这些 Notebook 文件包含了 Python/PyMC3 代码,用于实现书中的模型和生成图表。

  • .gitignore: 该文件用于指定 Git 版本控制系统中需要忽略的文件和目录。

  • LICENSE: 该文件包含了项目的开源许可证信息,本项目使用 MIT 许可证。

  • README.md: 该文件是项目的说明文档,包含了项目的简介、使用方法、依赖库等信息。

2. 项目的启动文件介绍

DBDA-Python 项目没有传统的“启动文件”,因为所有的代码都以 Jupyter Notebook 的形式组织在 Notebooks/ 目录下。要启动项目,您需要按照以下步骤操作:

  1. 安装依赖库: 确保您已经安装了项目所需的 Python 库,包括 pymc3, theano, pandas, numpy, scipy, matplotlib, seaborn 等。您可以使用以下命令安装这些库:

    pip install pymc3 theano pandas numpy scipy matplotlib seaborn
    
  2. 启动 Jupyter Notebook: 在项目根目录下启动 Jupyter Notebook 服务器:

    jupyter notebook
    
  3. 打开 Notebook: 在 Jupyter Notebook 界面中,导航到 Notebooks/ 目录,选择您感兴趣的章节对应的 Notebook 文件(例如 Chapter_09_Hierarchical_Models.ipynb),然后开始运行代码。

3. 项目的配置文件介绍

DBDA-Python 项目没有专门的配置文件,所有的配置和参数都在 Jupyter Notebook 文件中直接定义和使用。如果您需要修改某些参数或配置,可以直接在相应的 Notebook 文件中进行编辑。

示例:修改参数

例如,在 Chapter_09_Hierarchical_Models.ipynb 中,您可以找到类似以下的代码片段:

import pymc3 as pm

with pm.Model() as hierarchical_model:
    # 定义模型参数
    mu = pm.Normal('mu', mu=0, sigma=10)
    sigma = pm.HalfNormal('sigma', sigma=10)
    # 其他模型定义...

如果您需要修改 musigma 的初始值,可以直接在代码中进行修改。


通过以上步骤,您可以顺利地启动和使用 DBDA-Python 项目,并根据需要进行配置和参数调整。

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