Seurat项目处理Visium V2空间转录组数据的坐标获取问题解析
2025-07-01 23:15:57作者:昌雅子Ethen
背景介绍
在单细胞RNA测序分析领域,Seurat是一个广泛使用的R语言工具包,特别适用于处理和分析空间转录组数据。随着技术的进步,10x Genomics公司的Visium平台从V1版本升级到了V2版本,这一变化带来了数据存储格式的调整,特别是在空间坐标信息的处理上。
问题现象
用户在按照Seurat官方教程处理小鼠大脑前叶空间转录组数据时,遇到了无法通过subset
函数筛选特定空间区域细胞的问题。具体表现为尝试使用imagerow
和imagecol
参数进行空间坐标筛选时出现错误提示:"Spatial coordinates are no longer fetchable with FetchData"。
技术分析
Visium平台版本差异
Visium V1和V2版本在数据存储结构上存在显著差异:
- V1版本:空间坐标信息存储在
imagerow
和imagecol
变量中 - V2版本:采用了全新的空间坐标存储方式,不再使用上述变量名
Seurat的数据处理机制
Seurat包针对不同版本的Visium数据实现了不同的处理逻辑:
- 对于V1数据,可以直接通过
imagerow
/imagecol
访问空间坐标 - 对于V2数据,需要使用专门的坐标提取函数
解决方案演进
Seurat开发团队已经针对这一问题进行了以下改进:
- 更新了官方文档和教程
- 提供了针对V2数据的专用坐标提取方法
- 在错误提示中加入了更明确的指导信息
最佳实践建议
对于使用Visium V2数据的用户,建议采用以下工作流程:
- 数据版本确认:首先检查数据来源的Visium平台版本
- 坐标获取方式:
- V1数据:仍可使用传统方法
- V2数据:使用
GetTissueCoordinates()
函数获取空间坐标
- 空间筛选:获取坐标后,再进行基于空间位置的细胞筛选
总结
空间转录组技术的快速发展带来了数据分析流程的相应调整。Seurat作为领先的分析工具,持续跟进技术变革,为用户提供最新的数据处理方法。理解不同平台版本间的差异,采用适当的数据处理方法,是保证分析结果准确性的关键。
对于遇到类似问题的用户,建议查阅最新的官方文档,确保使用与数据版本匹配的分析流程。随着单细胞技术的不断进步,保持对工具更新和数据格式变化的关注,将有助于提高研究效率和分析质量。
登录后查看全文
热门项目推荐
相关项目推荐
HunyuanImage-3.0
HunyuanImage-3.0 统一多模态理解与生成,基于自回归框架,实现文本生成图像,性能媲美或超越领先闭源模型00- DDeepSeek-V3.2-ExpDeepSeek-V3.2-Exp是DeepSeek推出的实验性模型,基于V3.1-Terminus架构,创新引入DeepSeek Sparse Attention稀疏注意力机制,在保持模型输出质量的同时,大幅提升长文本场景下的训练与推理效率。该模型在MMLU-Pro、GPQA-Diamond等多领域公开基准测试中表现与V3.1-Terminus相当,支持HuggingFace、SGLang、vLLM等多种本地运行方式,开源内核设计便于研究,采用MIT许可证。【此简介由AI生成】Python00
GitCode-文心大模型-智源研究院AI应用开发大赛
GitCode&文心大模型&智源研究院强强联合,发起的AI应用开发大赛;总奖池8W,单人最高可得价值3W奖励。快来参加吧~0370Hunyuan3D-Part
腾讯混元3D-Part00ops-transformer
本项目是CANN提供的transformer类大模型算子库,实现网络在NPU上加速计算。C++0102AI内容魔方
AI内容专区,汇集全球AI开源项目,集结模块、可组合的内容,致力于分享、交流。02Spark-Chemistry-X1-13B
科大讯飞星火化学-X1-13B (iFLYTEK Spark Chemistry-X1-13B) 是一款专为化学领域优化的大语言模型。它由星火-X1 (Spark-X1) 基础模型微调而来,在化学知识问答、分子性质预测、化学名称转换和科学推理方面展现出强大的能力,同时保持了强大的通用语言理解与生成能力。Python00GOT-OCR-2.0-hf
阶跃星辰StepFun推出的GOT-OCR-2.0-hf是一款强大的多语言OCR开源模型,支持从普通文档到复杂场景的文字识别。它能精准处理表格、图表、数学公式、几何图形甚至乐谱等特殊内容,输出结果可通过第三方工具渲染成多种格式。模型支持1024×1024高分辨率输入,具备多页批量处理、动态分块识别和交互式区域选择等创新功能,用户可通过坐标或颜色指定识别区域。基于Apache 2.0协议开源,提供Hugging Face演示和完整代码,适用于学术研究到工业应用的广泛场景,为OCR领域带来突破性解决方案。00- HHowToCook程序员在家做饭方法指南。Programmer's guide about how to cook at home (Chinese only).Dockerfile09
- PpathwayPathway is an open framework for high-throughput and low-latency real-time data processing.Python00
项目优选
收起

deepin linux kernel
C
22
6

OpenHarmony documentation | OpenHarmony开发者文档
Dockerfile
205
2.19 K

暂无简介
Dart
514
115

Ascend Extension for PyTorch
Python
62
95

本项目是CANN提供的数学类基础计算算子库,实现网络在NPU上加速计算。
C++
550
86

React Native鸿蒙化仓库
C++
208
285

Nop Platform 2.0是基于可逆计算理论实现的采用面向语言编程范式的新一代低代码开发平台,包含基于全新原理从零开始研发的GraphQL引擎、ORM引擎、工作流引擎、报表引擎、规则引擎、批处理引引擎等完整设计。nop-entropy是它的后端部分,采用java语言实现,可选择集成Spring框架或者Quarkus框架。中小企业可以免费商用
Java
9
1

🎉 (RuoYi)官方仓库 基于SpringBoot,Spring Security,JWT,Vue3 & Vite、Element Plus 的前后端分离权限管理系统
Vue
976
576

旨在打造算法先进、性能卓越、高效敏捷、安全可靠的密码套件,通过轻量级、可剪裁的软件技术架构满足各行业不同场景的多样化要求,让密码技术应用更简单,同时探索后量子等先进算法创新实践,构建密码前沿技术底座!
C
1.02 K
399

openGauss kernel ~ openGauss is an open source relational database management system
C++
146
193