探索基因表达差异的奥秘:Differential Gene Expression Workshop
2024-05-20 19:40:30作者:蔡丛锟
在这个高度集成的信息时代,生物科学与计算技术的结合日益紧密,尤其是在基因研究领域。如果你对如何利用R语言进行差异基因表达(DGE)分析感兴趣,那么这个开源项目——Differential gene expression workshop 是你不能错过的宝贵资源。
1、项目介绍
这个项目由哈佛大学陈曾熙公共卫生学院生物信息学核心团队开发,是一个为期1.5天的工作坊,旨在引导参与者通过R/RStudio完成RNA-seq计数数据的DGE分析流程。即使你是R新手,只要你完成了基础的R入门课程,就可以参加。
2、项目技术分析
工作坊涵盖以下核心技术:
- 使用主成分分析(PCA)和层次聚类进行质量控制
- 利用DESeq2获取显著差异基因列表
- 可视化差异表达基因的表达模式
- 采用R内置工具进行功能基因分析
教程中的每个环节都经过精心设计,既适合在指导下进行,也适合自学。
3、项目及技术应用场景
无论是实验室的研究员、生物信息学家还是希望深入理解基因表达变化的生物学学生,都可以从这个项目中受益。这些技能广泛应用于RNA-seq实验结果解析、疾病机制探究以及药物靶点发现等领域。
4、项目特点
- 易上手:针对有初步R基础的学习者,提供了一条清晰的自我学习或培训路径。
- 实操性强:以实际案例为基础,引导学员动手操作,加深理解和记忆。
- 全面覆盖:不仅教授统计分析方法,还涉及结果解释和后续的功能分析。
- 开放共享:遵循创造性共同许可协议4.0版(CC BY 4.0),鼓励分享和再创造。
为了开始你的DGE分析之旅,请访问项目主页,按照指示安装所需软件包,并逐步探索每一个精彩的教学章节。准备好深入到基因表达的海洋中,发掘生命的密码吧!
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