TOSICA开源项目安装与配置指南

1. 项目基础介绍

TOSICA（Transformer for One-Stop Interpretable Cell-type Annotation）是一个基于Python的开源项目，主要用于单细胞RNA测序数据的细胞类型注释。该项目利用了深度学习中的Transformer模型来提供一种一站式的、可解释的细胞类型注释方法。

主要编程语言：Python

2. 关键技术和框架

• 编程语言：Python
• 深度学习框架：PyTorch
• 单细胞分析工具：Scanpy
• 数据结构：AnnData

3. 安装和配置准备工作

在开始安装之前，请确保您的系统满足以下要求：

• 操作系统：Linux/UNIX/Windows
• Python版本：Python 3.8 或更高版本
• PyTorch版本：1.7.1

安装步骤

1. 创建虚拟环境（这一步非常重要，可以避免污染全局Python环境）

   conda create -n TOSICA python=3.8
   conda activate TOSICA
   

2. 安装依赖（按照项目要求安装PyTorch和相关库）

   conda install pytorch=1.7.1 torchvision=0.8.2 torchaudio=0.7.2 cudatoolkit=10.1 -c pytorch
   

3. 安装TOSICA（从GitHub直接安装或者从本地仓库安装）

   • 从GitHub安装：

     pip install git+https://github.com/JackieHanLab/TOSICA.git
     

   • 或者，如果您已经克隆了仓库到本地，可以执行以下命令：

     pip install .
     

4. 验证安装（确保所有依赖正确安装）

   运行一个简单的Python脚本，尝试导入TOSICA库，如果没有错误提示，表示安装成功。

   import TOSICA
   print("TOSICA installed successfully!")
   

至此，TOSICA开源项目的安装与配置工作完成。您可以开始使用该项目提供的功能进行细胞类型注释的研究工作了。