SequenceServer 技术文档

1. 安装指南

1.1 通过 RubyGems 安装

SequenceServer 可以通过 RubyGems 进行安装。首先，确保你已经安装了 Ruby 和 RubyGems。然后执行以下命令：

gem install sequenceserver

1.2 从源代码运行

如果你希望从源代码运行 SequenceServer，请按照以下步骤操作：

1. 安装 Ruby 和 RubyGems。
2. 安装 Bundler：

   gem install bundler
   

3. 克隆或下载 SequenceServer 源代码。
4. 进入项目目录：

   cd sequenceserver
   

5. 使用 Bundler 安装依赖：

   bundle install
   

6. 运行 SequenceServer：

   bundle exec bin/sequenceserver
   

1.3 使用 Docker 运行

如果你使用 Docker，可以按照以下步骤操作：

1. 安装 Docker。
2. 修改 Dockerfile 文件，将 from final 改为 from dev。
3. 构建 Docker 镜像：

   docker build -t sequenceserver .
   

4. 运行 Docker 容器：

   docker run --rm -it -p 4567:4567 sequenceserver
   

2. 项目使用说明

SequenceServer 是一个用于快速设置 BLAST+ 服务器的工具，具有直观的用户界面，适用于个人或团队使用。它支持从 RubyGems 安装、源代码运行以及 Docker 容器运行。

2.1 基本使用

安装完成后，你可以通过命令行运行 SequenceServer：

sequenceserver

默认情况下，SequenceServer 会在本地启动一个 Web 服务器，你可以通过浏览器访问 http://localhost:4567 来使用 BLAST+ 搜索功能。

2.2 开发模式

在开发过程中，你可以使用 -D 选项以开发模式运行 SequenceServer，这样会输出详细的日志信息：

bundle exec bin/sequenceserver -D

3. 项目 API 使用文档

SequenceServer 提供了简单的 API 接口，允许用户通过命令行或脚本进行 BLAST+ 搜索。API 的使用方式与命令行类似，具体参数可以通过命令行帮助获取：

sequenceserver --help

4. 项目安装方式

4.1 通过 RubyGems 安装

gem install sequenceserver

4.2 从源代码安装

git clone https://github.com/wurmlab/sequenceserver.git
cd sequenceserver
bundle install
bundle exec bin/sequenceserver

4.3 使用 Docker 安装

docker build -t sequenceserver .
docker run --rm -it -p 4567:4567 sequenceserver

通过以上步骤，你可以轻松安装并使用 SequenceServer 进行 BLAST+ 搜索。