SequenceServer 技术文档
2024-12-20 13:53:43作者:郦嵘贵Just
1. 安装指南
1.1 通过 RubyGems 安装
SequenceServer 可以通过 RubyGems 进行安装。首先,确保你已经安装了 Ruby 和 RubyGems。然后执行以下命令:
gem install sequenceserver
1.2 从源代码运行
如果你希望从源代码运行 SequenceServer,请按照以下步骤操作:
- 安装 Ruby 和 RubyGems。
- 安装 Bundler:
gem install bundler - 克隆或下载 SequenceServer 源代码。
- 进入项目目录:
cd sequenceserver - 使用 Bundler 安装依赖:
bundle install - 运行 SequenceServer:
bundle exec bin/sequenceserver
1.3 使用 Docker 运行
如果你使用 Docker,可以按照以下步骤操作:
- 安装 Docker。
- 修改
Dockerfile文件,将from final改为from dev。 - 构建 Docker 镜像:
docker build -t sequenceserver . - 运行 Docker 容器:
docker run --rm -it -p 4567:4567 sequenceserver
2. 项目使用说明
SequenceServer 是一个用于快速设置 BLAST+ 服务器的工具,具有直观的用户界面,适用于个人或团队使用。它支持从 RubyGems 安装、源代码运行以及 Docker 容器运行。
2.1 基本使用
安装完成后,你可以通过命令行运行 SequenceServer:
sequenceserver
默认情况下,SequenceServer 会在本地启动一个 Web 服务器,你可以通过浏览器访问 http://localhost:4567 来使用 BLAST+ 搜索功能。
2.2 开发模式
在开发过程中,你可以使用 -D 选项以开发模式运行 SequenceServer,这样会输出详细的日志信息:
bundle exec bin/sequenceserver -D
3. 项目 API 使用文档
SequenceServer 提供了简单的 API 接口,允许用户通过命令行或脚本进行 BLAST+ 搜索。API 的使用方式与命令行类似,具体参数可以通过命令行帮助获取:
sequenceserver --help
4. 项目安装方式
4.1 通过 RubyGems 安装
gem install sequenceserver
4.2 从源代码安装
git clone https://github.com/wurmlab/sequenceserver.git
cd sequenceserver
bundle install
bundle exec bin/sequenceserver
4.3 使用 Docker 安装
docker build -t sequenceserver .
docker run --rm -it -p 4567:4567 sequenceserver
通过以上步骤,你可以轻松安装并使用 SequenceServer 进行 BLAST+ 搜索。
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