CAT 项目安装与使用教程

1. 项目目录结构及介绍

CAT 项目的目录结构如下：

CAT_pack/
├── CHANGELOG.md
├── LICENSE.md
├── README.md
├── tests/
│   └── data/
└── CAT_pack

目录结构介绍

• CHANGELOG.md: 记录项目的更新日志。
• LICENSE.md: 项目的开源许可证文件。
• README.md: 项目的主要介绍文件，包含项目的概述、安装方法、使用说明等。
• tests/: 包含项目的测试数据和测试脚本。
• CAT_pack: 项目的启动文件，用于执行 CAT、BAT 和 RAT 工具。

2. 项目启动文件介绍

项目的启动文件是 CAT_pack，它是一个可执行脚本，用于启动 CAT、BAT 和 RAT 工具。

启动文件使用方法

你可以通过以下命令启动 CAT 工具：

./CAT_pack/CAT_pack --help

或者，如果你已经将 CAT_pack 目录添加到系统的 $PATH 变量中，你可以直接运行：

CAT_pack --version

3. 项目配置文件介绍

CAT 项目没有明确的配置文件，但你可以通过命令行参数来配置工具的行为。例如，你可以通过以下命令下载和准备数据库文件：

下载预构建的数据库文件

wget tbb.bio.uu.nl/tina/CAT_pack_prepare/20240422_CAT_nr.tar.gz
tar -xvzf 20240422_CAT_nr.tar.gz

创建自定义数据库

如果你需要创建自定义数据库，可以使用 CAT_pack download 和 CAT_pack prepare 命令。例如：

CAT_pack download -db nr -o path/to/nr_data_dir
CAT_pack prepare -h

通过这些命令，你可以下载和准备所需的蛋白质数据库，并根据需要进行自定义配置。

---

以上是 CAT 项目的安装与使用教程，希望对你有所帮助。