Scanpy项目中的pytest 8兼容性问题解析

问题背景

在Scanpy这个单细胞分析工具包的最新开发过程中，开发团队发现当使用pytest 8版本运行测试时，scanpy.preprocessing._simple.filter_cells模块的文档测试出现了意外错误。这个问题特别值得关注，因为它涉及到测试框架升级带来的兼容性问题，这在Python生态系统的开发中是一个常见但需要谨慎处理的挑战。

问题现象

具体错误表现为在运行文档测试时，系统抛出了一个未预期的UserWarning警告。这个警告原本是预期的行为（因为测试数据中的观测名称确实不唯一），但在pytest 8环境下，测试框架却将其视为错误而终止了测试执行。

错误信息显示，当加载krumsiek11测试数据集时，系统会发出"Observation names are not unique"的警告，这本应是测试中预期的行为，但pytest 8的错误处理机制却将其捕获为异常。

技术分析

根本原因

经过分析，这个问题与pytest 8中警告处理机制的变更有关。在pytest 8中，对于文档测试中的警告处理变得更加严格，特别是当项目配置了"将警告视为错误"的选项时。这与pytest项目中的一个已知问题相关，即警告处理在文档测试环境中的行为发生了变化。

相关组件

1. pytest的警告捕获机制：pytest提供了强大的警告捕获功能，可以配置将特定警告视为测试失败
2. Scanpy的测试配置：Scanpy项目配置了严格的警告处理策略，将警告视为错误
3. 文档测试的特殊性：文档测试(docstring测试)在pytest中有特殊的执行环境

解决方案

针对这个问题，开发团队参考了anndata项目的处理方式，采用了以下解决方案：

1. 使用autouse fixture：创建了一个自动使用的测试fixture，直接控制警告处理行为
2. 直接执行效果：而不是通过标记(mark)来控制警告行为
3. 版本兼容性处理：对于pytest 8的特殊行为进行了针对性处理

后续发现

在解决这个问题的过程中，开发团队还发现了另一个相关问题：在最小化测试任务中出现了多个ImageComparisonFailure错误。这些错误可能与pytest 8的变更有关，也可能是独立的图像比较问题，需要进一步调查。

经验总结

这个案例为Python项目维护者提供了几个重要经验：

1. 测试框架升级需谨慎：即使是次要版本号的升级也可能带来不兼容的变化
2. 文档测试的特殊性：文档测试的执行环境与常规测试有所不同，需要特别注意
3. 警告处理的复杂性：在大型项目中，警告处理策略需要统一考虑
4. 跨项目解决方案参考：当遇到框架兼容性问题时，可以参考其他类似项目的解决方案

对于使用Scanpy的开发者来说，如果遇到类似问题，可以暂时将pytest版本固定在7.x系列，等待更完善的兼容性解决方案。