DRAM 项目使用教程

1. 项目目录结构及介绍

DRAM 项目的目录结构如下：

DRAM/
├── circleci/
│   └── github/workflows/
├── data/
│   └── examples/
├── images/
├── mag_annotator/
├── scripts/
├── tests/
├── .gitignore
├── LICENSE
├── README.md
├── environment.yaml
└── setup.py

目录介绍

• circleci/: 包含与 CircleCI 持续集成相关的配置文件。
• data/: 包含项目的数据文件，特别是 examples/ 目录下有一些示例数据。
• images/: 包含项目使用的图像文件。
• mag_annotator/: 包含与 MAG 注释相关的脚本和工具。
• scripts/: 包含项目的各种脚本文件。
• tests/: 包含项目的测试文件。
• .gitignore: Git 忽略文件配置。
• LICENSE: 项目的开源许可证文件。
• README.md: 项目的介绍和使用说明。
• environment.yaml: 用于创建 Conda 环境的配置文件。
• setup.py: 项目的安装脚本。

2. 项目启动文件介绍

DRAM 项目的启动文件主要是 setup.py 和 DRAM.py。

setup.py

setup.py 是 Python 项目的标准安装脚本，用于安装项目的依赖项和配置项目。通过运行以下命令可以安装 DRAM：

pip install DRAM-bio

DRAM.py

DRAM.py 是 DRAM 项目的主要执行脚本，用于执行基因组注释和功能分类。可以通过以下命令启动注释过程：

DRAM.py annotate -i 'my_bins/*fa' -o annotation

其中 my_bins/*fa 是输入文件路径，annotation 是输出目录。

3. 项目的配置文件介绍

DRAM 项目的主要配置文件是 environment.yaml 和 setup.py。

environment.yaml

environment.yaml 是用于创建 Conda 环境的配置文件。通过以下命令可以创建并激活 DRAM 的 Conda 环境：

conda env create -f environment.yaml -n DRAM
conda activate DRAM

setup.py

setup.py 包含了项目的安装配置，可以通过以下命令安装 DRAM：

pip install DRAM-bio

此外，setup.py 还包含了数据库的设置和配置，可以通过以下命令准备数据库：

DRAM-setup.py prepare_databases --output_dir DRAM_data --kegg_loc kegg.pep

其中 DRAM_data 是数据库输出目录，kegg.pep 是 KEGG 数据库文件路径。

通过以上配置和启动文件的介绍，您可以顺利地安装和使用 DRAM 项目进行基因组注释和功能分类。