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《Refine.bio 安装与配置指南》

2025-04-19 15:21:19作者:田桥桑Industrious

1. 项目基础介绍

Refine.bio 是一个开源项目,旨在为癌症研究人员和 AI/ML 科学家整合公开的生物数据,将其转化为可用的数据集。该项目主要通过自动化处理和整合大量的生物信息数据,以便研究人员能够更高效地进行科学研究。

主要编程语言:

  • Python
  • R

2. 项目使用的关键技术和框架

关键技术:

  • 数据处理与 harmonization
  • 分布式计算

框架和工具:

  • Django(用于构建 API)
  • Celery(用于异步任务队列)
  • Postgres(用于数据库管理)
  • Docker(用于容器化服务)
  • Terraform(用于基础设施管理)

3. 项目安装和配置准备工作

在开始安装之前,请确保您的系统满足以下要求:

  • 操作系统:Linux(建议 Ubuntu 16.04 或更高版本)或 macOS
  • Python 3 和 pip
  • Docker
  • Terraform
  • iproute2
  • jq
  • black(Python 代码格式化工具)
  • shellcheck(Shell 脚本静态分析工具)

详细安装步骤

步骤 1:安装依赖

首先,您需要安装 Python 3 和 pip。在 Linux 系统上,可以使用以下命令:

sudo apt-get -y install python3-pip

然后安装 Docker:

安装 Terraform:

sudo apt-get -y install terraform

安装其他必需的工具:

sudo apt-get -y install jq iproute2 shellcheck
sudo pip3 install black

步骤 2:克隆仓库

使用 Git 克隆 Refine.bio 仓库:

git clone https://github.com/AlexsLemonade/refinebio.git
cd refinebio

步骤 3:配置本地环境

创建并激活虚拟环境:

./scripts/create_virtualenv.sh
source dr_env/bin/activate

安装项目依赖:

pip install -r requirements.txt

步骤 4:配置数据库

运行以下命令来启动本地的 Postgres 服务:

./scripts/run_postgres.sh

初始化数据库:

./scripts/install_db_docker.sh

步骤 5:配置 ElasticSearch

启动本地的 ElasticSearch 服务:

./scripts/run_es.sh

创建 ES 索引:

./scripts/rebuild_es_index.sh

步骤 6:运行测试

运行整个测试套件来验证安装:

./scripts/run_all_tests.sh

以上步骤将帮助您完成 Refine.bio 的基本安装和配置。请根据项目文档进一步了解如何使用和开发该项目。

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