iSEE开源项目使用教程

1. 项目介绍

iSEE（Interactive SummarizedExperiment Explorer）是一个基于R语言的开源项目，它为探索SummarizedExperiment类对象中的数据提供了一个交互式的用户界面。该项目特别适用于单细胞数据，这类数据存储在SingleCellExperiment派生类中。iSEE使用RStudio的Shiny框架实现用户界面，采用多面板布局以便于导航。项目始于2017年欧洲Bioconductor会议，当前贡献者包括Charlotte Soneson、Aaron Lun、Federico Marini、Kévin Rue-Albrecht等。

2. 项目快速启动

要安装iSEE，请使用以下R代码：

if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))
    install.packages("BiocManager")
BiocManager::install("iSEE")

安装dependencies = TRUE将确保安装所有依赖包，这对于想要复现小册子中的代码来说可能是必需的。

3. 应用案例和最佳实践

iSEE提供了多种交互式图表和表格，以下是一些使用案例：

样本级别的可视化

• 降维图：散点图显示降维后的数据。
• 列数据图：根据元数据的连续或离散性质，动态应用散点、小提琴或方形设计。
• 特征测定图：显示任意两个特征或一个特征对一个样本元数据的表达数据。

特征级别的可视化

• 行数据图：根据元数据的连续或离散性质，动态应用散点、小提琴或方形设计。
• 样本测定图：显示任意两个样本或一个样本对一个特征元数据的表达数据。

集成可视化

• 复杂热力图：可视化多个特征跨多个样本，并注释样本元数据。

扩展iSEE

如果您想要扩展iSEE的功能，可以创建自定义面板来增加与数据的交互可能性。自定义面板可以在包含iSEE在DESCRIPTION文件的Imports部分的独立R包中定义。

4. 典型生态项目

iSEE可以与多个生物信息学项目配合使用，形成生态系统，以下是一些典型的生态项目：

• Bioconductor：一个为生物学家提供R包和软件的开放资源项目。
• SingleCellExperiment：用于单细胞分析的数据类和工具。
• shiny：R包，用于构建交互式web应用。

以上教程介绍了iSEE开源项目的基本信息、快速启动方式、应用案例和典型生态项目，可以帮助用户更好地理解和使用这一工具。