PyComplexHeatmap 项目使用文档

1. 项目目录结构及介绍

PyComplexHeatmap/
├── README.md
├── setup.py
├── pycomplexheatmap/
│   ├── __init__.py
│   ├── heatmap.py
│   ├── annotations.py
│   ├── utils.py
│   └── config.py
├── examples/
│   ├── example1.py
│   ├── example2.py
│   └── data/
│       ├── data1.csv
│       └── data2.csv
├── tests/
│   ├── test_heatmap.py
│   └── test_annotations.py
└── docs/
    ├── index.md
    └── installation.md

目录结构说明

• README.md: 项目介绍和使用说明。
• setup.py: 项目的安装脚本。
• pycomplexheatmap/: 项目的主要代码目录，包含核心功能实现。
  • __init__.py: 模块初始化文件。
  • heatmap.py: 实现热图绘制的主要功能。
  • annotations.py: 实现热图注释的功能。
  • utils.py: 包含一些工具函数。
  • config.py: 项目的配置文件。
• examples/: 包含一些示例代码和数据文件。
  • example1.py: 第一个示例代码。
  • example2.py: 第二个示例代码。
  • data/: 示例代码所需的数据文件。
• tests/: 包含项目的单元测试代码。
  • test_heatmap.py: 测试热图功能的单元测试。
  • test_annotations.py: 测试注释功能的单元测试。
• docs/: 项目的文档目录。
  • index.md: 文档首页。
  • installation.md: 安装说明文档。

2. 项目启动文件介绍

项目的启动文件通常是指用于运行示例代码或测试的脚本。在 examples/ 目录下，有两个主要的启动文件：

example1.py

# example1.py
from pycomplexheatmap import Heatmap
import pandas as pd

# 读取数据
data = pd.read_csv('data/data1.csv')

# 创建热图
hm = Heatmap(data)
hm.plot()

example2.py

# example2.py
from pycomplexheatmap import Heatmap, Annotations
import pandas as pd

# 读取数据
data = pd.read_csv('data/data2.csv')

# 创建热图
hm = Heatmap(data)

# 添加注释
anno = Annotations(data)
hm.add_annotation(anno)

# 绘制热图
hm.plot()

这两个文件展示了如何使用 PyComplexHeatmap 库来创建和绘制热图，并添加注释。

3. 项目的配置文件介绍

项目的配置文件位于 pycomplexheatmap/config.py，主要用于配置项目的默认参数和行为。

config.py

# config.py

# 默认热图颜色映射
DEFAULT_COLOR_MAP = 'viridis'

# 默认热图大小
DEFAULT_FIG_SIZE = (10, 8)

# 默认字体大小
DEFAULT_FONT_SIZE = 12

# 其他配置项...

这个配置文件定义了一些默认参数，如颜色映射、热图大小和字体大小，用户可以根据需要修改这些配置项来定制热图的外观和行为。

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以上是 PyComplexHeatmap 项目的基本使用文档，涵盖了项目的目录结构、启动文件和配置文件的介绍。希望这些信息能帮助你更好地理解和使用该项目。