PyComplexHeatmap 项目使用文档
2024-09-18 11:26:11作者:郦嵘贵Just
PyComplexHeatmap
PyComplexHeatmap: A Python package to plot complex heatmap (clustermap)
1. 项目目录结构及介绍
PyComplexHeatmap/
├── README.md
├── setup.py
├── pycomplexheatmap/
│ ├── __init__.py
│ ├── heatmap.py
│ ├── annotations.py
│ ├── utils.py
│ └── config.py
├── examples/
│ ├── example1.py
│ ├── example2.py
│ └── data/
│ ├── data1.csv
│ └── data2.csv
├── tests/
│ ├── test_heatmap.py
│ └── test_annotations.py
└── docs/
├── index.md
└── installation.md
目录结构说明
- README.md: 项目介绍和使用说明。
- setup.py: 项目的安装脚本。
- pycomplexheatmap/: 项目的主要代码目录,包含核心功能实现。
- __init__.py: 模块初始化文件。
- heatmap.py: 实现热图绘制的主要功能。
- annotations.py: 实现热图注释的功能。
- utils.py: 包含一些工具函数。
- config.py: 项目的配置文件。
- examples/: 包含一些示例代码和数据文件。
- example1.py: 第一个示例代码。
- example2.py: 第二个示例代码。
- data/: 示例代码所需的数据文件。
- tests/: 包含项目的单元测试代码。
- test_heatmap.py: 测试热图功能的单元测试。
- test_annotations.py: 测试注释功能的单元测试。
- docs/: 项目的文档目录。
- index.md: 文档首页。
- installation.md: 安装说明文档。
2. 项目启动文件介绍
项目的启动文件通常是指用于运行示例代码或测试的脚本。在 examples/
目录下,有两个主要的启动文件:
example1.py
# example1.py
from pycomplexheatmap import Heatmap
import pandas as pd
# 读取数据
data = pd.read_csv('data/data1.csv')
# 创建热图
hm = Heatmap(data)
hm.plot()
example2.py
# example2.py
from pycomplexheatmap import Heatmap, Annotations
import pandas as pd
# 读取数据
data = pd.read_csv('data/data2.csv')
# 创建热图
hm = Heatmap(data)
# 添加注释
anno = Annotations(data)
hm.add_annotation(anno)
# 绘制热图
hm.plot()
这两个文件展示了如何使用 PyComplexHeatmap
库来创建和绘制热图,并添加注释。
3. 项目的配置文件介绍
项目的配置文件位于 pycomplexheatmap/config.py
,主要用于配置项目的默认参数和行为。
config.py
# config.py
# 默认热图颜色映射
DEFAULT_COLOR_MAP = 'viridis'
# 默认热图大小
DEFAULT_FIG_SIZE = (10, 8)
# 默认字体大小
DEFAULT_FONT_SIZE = 12
# 其他配置项...
这个配置文件定义了一些默认参数,如颜色映射、热图大小和字体大小,用户可以根据需要修改这些配置项来定制热图的外观和行为。
以上是 PyComplexHeatmap
项目的基本使用文档,涵盖了项目的目录结构、启动文件和配置文件的介绍。希望这些信息能帮助你更好地理解和使用该项目。
PyComplexHeatmap
PyComplexHeatmap: A Python package to plot complex heatmap (clustermap)
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