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Tabula Muris 项目使用教程

2024-08-16 09:13:06作者:董灵辛Dennis
tabula-muris
Code and annotations for the Tabula Muris single-cell transcriptomic dataset.

1. 项目的目录结构及介绍

Tabula Muris 项目的目录结构如下:

tabula-muris/
├── data/
│   ├── processed/
│   └── raw/
├── notebooks/
├── scripts/
├── README.md
├── LICENSE
└── requirements.txt

目录介绍

  • data/: 存放项目的数据文件,包括处理过的数据 (processed/) 和原始数据 (raw/)。
  • notebooks/: 存放 Jupyter 笔记本文件,用于数据分析和可视化。
  • scripts/: 存放项目的脚本文件,用于数据处理和分析。
  • README.md: 项目的主文档,包含项目介绍、安装和使用说明。
  • LICENSE: 项目的许可证文件。
  • requirements.txt: 项目依赖的 Python 包列表。

2. 项目的启动文件介绍

项目的启动文件通常位于 notebooks/ 目录下,用于启动数据分析和可视化。以下是一个典型的启动文件示例:

# 启动 Jupyter Notebook

1. 安装依赖包:
   ```bash
   pip install -r requirements.txt
  1. 启动 Jupyter Notebook:

    jupyter notebook
    
  2. 在浏览器中打开 http://localhost:8888,进入 notebooks/ 目录,选择一个笔记本文件开始分析。


## 3. 项目的配置文件介绍

项目的配置文件通常位于项目根目录下,用于配置项目的环境和参数。以下是一个典型的配置文件示例:

```markdown
# 配置文件介绍

## requirements.txt

该文件列出了项目依赖的 Python 包及其版本,例如:

numpy==1.19.2 pandas==1.1.3 matplotlib==3.3.2 ...


## 安装依赖

在项目根目录下运行以下命令安装所有依赖包:

```bash
pip install -r requirements.txt

以上是 Tabula Muris 项目的基本使用教程,包括项目的目录结构、启动文件和配置文件的介绍。希望这些内容能帮助你更好地理解和使用该项目。
tabula-muris
Code and annotations for the Tabula Muris single-cell transcriptomic dataset.
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