Napari 0.6.0版本深度解析:3D可视化与交互体验的重大升级
Napari是一个基于Python的快速、交互式多维图像查看器,专为探索、注释和分析多维图像而设计。它构建在Qt(用于GUI)、VisPy(用于高性能GPU渲染)以及科学Python堆栈(NumPy、SciPy等)之上。最新发布的0.6.0版本带来了多项重大改进,特别是在3D可视化、用户交互和插件系统方面。
3D可视化坐标系的重大修正
在0.6.0版本中,Napari团队修正了一个存在多年的3D视图镜像问题。此前,几乎所有数据集的3D视图都是原始3D对象的镜像图像,导致生物学中的DNA螺旋显示为左旋而非右旋,解剖学样本也出现了镜像反转的情况。
这一问题的根源在于Napari使用zyx坐标而非xyz坐标,这是为了与NumPy数组和科学Python成像生态系统保持一致性。在0.6.0版本中,团队通过翻转z轴上的3D相机,默认采用右手坐标系框架,解决了这个问题。
新版本提供了多种方式来调整轴方向:
- 通过相机API:新增了
orientation
和orientation2d
属性 - 通过UI界面:右键点击查看器中的维度切换按钮
- 通过启动设置:可以设置默认的轴方向
命令面板的引入
0.6.0版本新增了命令面板功能,用户可以通过快捷键调出面板,输入操作名称快速执行命令。这一功能基于Talley Lambert的app-model实现,支持插件操作,大大提升了操作效率。
形状图层功能增强
新版本中,形状图层现在可以显示带孔的复杂多边形,这为地图数据等应用场景提供了支持。同时,团队还改进了多边形绘制代码,修复了多个可能导致崩溃的bug。
在性能方面,Napari现在支持选择不同的三角剖分后端(如bermuda、partsegcore-compiled-backend或numba),用户可以在设置中选择使用哪种后端进行三角剖分。
向npe2插件引擎的过渡
Napari团队开始逐步淘汰npe1(napari-plugin-engine)插件,转向npe2系统。在0.6.0版本中,npe1插件将默认自动转换为npe2,虽然这可能会破坏一些依赖导入时行为的插件功能。
团队计划在0.7.0版本中完全移除不转换npe1插件的选项,届时npe1插件只能通过自动转换工作。插件开发者应尽快将插件迁移到npe2系统。
用户界面改进
0.6.0版本对主GUI进行了多项改进:
- 按钮新增指示器,显示是否包含右键菜单
- 2D/3D视图切换按钮功能更清晰
- 新增相机控制菜单
- 网格模式下可调整图层间距
- 图像图层中的色彩映射指示器变为按钮
- 选择多个图层时,状态栏显示所有选定图层状态
- 2D/3D视图切换时保留3D视角
- 新增日志处理程序和查看器
开发者相关变更
对于开发者而言,0.6.0版本要求Python 3.10+和Pydantic v2.2。团队推迟了_qt_viewer
特性的弃用,同时改进了文档预览构建流程,使贡献文档修复更加容易。
总结
Napari 0.6.0版本在3D可视化、用户交互和插件系统方面都带来了重大改进。右手坐标系的修正解决了长期存在的镜像问题,命令面板的引入提升了操作效率,形状图层功能的增强扩展了应用场景,而向npe2的过渡则为未来的插件功能改进奠定了基础。这些变化使得Napari在科学图像分析和可视化领域的地位更加稳固。
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