AutoDock-GPU 项目使用教程

1. 项目的目录结构及介绍

AutoDock-GPU 项目的目录结构如下：

AutoDock-GPU/
├── bin/
├── common/
├── cuda/
├── device/
├── doc/
│   └── presentation/
├── examples/
│   └── output/
├── host/
├── input/
├── windows/
├── wrapcl/
├── .gitignore
├── AutoDock-GPU.sln
├── AutoDock-GPU.vcxproj
├── AutoDock-GPU.vcxproj.filters
├── AutoDock-GPU.vcxproj.user
├── BASE_VERSION
├── LICENSE
├── LICENSE_LGPL
├── Makefile
├── Makefile.Cuda
├── Makefile.OpenCL

目录介绍

• bin/: 存放编译后的可执行文件。
• common/: 包含项目共用的代码文件。
• cuda/: 包含 CUDA 相关的代码文件。
• device/: 包含设备相关的代码文件。
• doc/: 包含项目文档，特别是 presentation/ 目录下存放演示文稿。
• examples/: 包含示例输出文件。
• host/: 包含主机相关的代码文件。
• input/: 包含输入文件。
• windows/: 包含 Windows 平台相关的文件。
• wrapcl/: 包含 OpenCL 包装相关的文件。
• .gitignore: Git 忽略文件配置。
• AutoDock-GPU.sln: Visual Studio 解决方案文件。
• AutoDock-GPU.vcxproj: Visual Studio 项目文件。
• AutoDock-GPU.vcxproj.filters: Visual Studio 项目过滤器文件。
• AutoDock-GPU.vcxproj.user: Visual Studio 用户特定设置文件。
• BASE_VERSION: 基础版本文件。
• LICENSE: GPL-2.0 许可证文件。
• LICENSE_LGPL: LGPL-2.1 许可证文件。
• Makefile: 主 Makefile 文件。
• Makefile.Cuda: CUDA 特定的 Makefile 文件。
• Makefile.OpenCL: OpenCL 特定的 Makefile 文件。

2. 项目的启动文件介绍

AutoDock-GPU 项目的启动文件主要是编译后的可执行文件，通常位于 bin/ 目录下。具体启动文件的名称和路径取决于编译配置和平台。

3. 项目的配置文件介绍

AutoDock-GPU 项目的配置文件主要包括以下几类：

• Makefile 文件: 如 Makefile, Makefile.Cuda, Makefile.OpenCL 等，用于配置编译选项和依赖关系。
• Visual Studio 项目文件: 如 AutoDock-GPU.sln, AutoDock-GPU.vcxproj, AutoDock-GPU.vcxproj.filters, AutoDock-GPU.vcxproj.user 等，用于在 Visual Studio 中配置项目。
• 输入文件: 位于 input/ 目录下，用于指定模拟的参数和条件。

这些配置文件共同决定了项目的编译、运行和模拟的具体行为。