Seurat中DotPlot使用split.by参数时的图例显示问题解析
2025-07-02 09:09:53作者:羿妍玫Ivan
问题描述
在使用Seurat进行单细胞数据分析时,DotPlot是一个常用的可视化函数,用于展示基因在不同细胞群中的表达情况。当用户尝试使用split.by
参数按样本来源(orig.ident)分组展示时,会遇到"Average Expression"(平均表达量)图例消失的问题。
技术背景
DotPlot函数默认会显示两个维度的信息:
- 点的大小:代表表达该基因的细胞百分比
- 点的颜色:代表基因的平均表达水平
当使用split.by
参数时,Seurat的设计逻辑是只保留百分比表达的图例,而隐藏平均表达量的图例。这一行为是Seurat开发团队的默认设计选择。
解决方案建议
对于需要同时显示两种图例的情况,可以考虑以下替代方案:
-
使用scCustomize包中的Clustered_DotPlot函数:该函数提供了更灵活的图例控制选项,可以保留平均表达量的图例信息。
-
分开展示:分别绘制不分组和分组的DotPlot,前者用于查看平均表达量,后者用于比较不同组间的表达差异。
-
自定义修改:通过修改Seurat的绘图代码,强制显示两个图例(需要一定的编程能力)。
注意事项
当使用分组展示时,特别是跨样本比较时,需要注意:
- 表达量数据是经过标准化处理的,直接比较不同样本间的绝对表达值可能存在偏差
- 不同样本的测序深度、细胞数量等因素可能影响表达量的可比性
- 建议结合其他统计分析方法验证观察到的表达差异
总结
Seurat中DotPlot的split.by
参数默认隐藏平均表达量图例是设计使然,而非程序错误。用户应根据实际分析需求选择合适的可视化方法,并理解不同展示方式背后的生物学意义。对于需要同时展示两种信息的场景,可以考虑使用替代函数或自定义解决方案。
登录后查看全文
热门项目推荐
- QQwen3-Next-80B-A3B-InstructQwen3-Next-80B-A3B-Instruct 是一款支持超长上下文(最高 256K tokens)、具备高效推理与卓越性能的指令微调大模型00
- QQwen3-Next-80B-A3B-ThinkingQwen3-Next-80B-A3B-Thinking 在复杂推理和强化学习任务中超越 30B–32B 同类模型,并在多项基准测试中优于 Gemini-2.5-Flash-Thinking00
GitCode-文心大模型-智源研究院AI应用开发大赛
GitCode&文心大模型&智源研究院强强联合,发起的AI应用开发大赛;总奖池8W,单人最高可得价值3W奖励。快来参加吧~0265cinatra
c++20实现的跨平台、header only、跨平台的高性能http库。C++00AI内容魔方
AI内容专区,汇集全球AI开源项目,集结模块、可组合的内容,致力于分享、交流。02- HHunyuan-MT-7B腾讯混元翻译模型主要支持33种语言间的互译,包括中国五种少数民族语言。00
GOT-OCR-2.0-hf
阶跃星辰StepFun推出的GOT-OCR-2.0-hf是一款强大的多语言OCR开源模型,支持从普通文档到复杂场景的文字识别。它能精准处理表格、图表、数学公式、几何图形甚至乐谱等特殊内容,输出结果可通过第三方工具渲染成多种格式。模型支持1024×1024高分辨率输入,具备多页批量处理、动态分块识别和交互式区域选择等创新功能,用户可通过坐标或颜色指定识别区域。基于Apache 2.0协议开源,提供Hugging Face演示和完整代码,适用于学术研究到工业应用的广泛场景,为OCR领域带来突破性解决方案。00- HHowToCook程序员在家做饭方法指南。Programmer's guide about how to cook at home (Chinese only).Dockerfile06
- PpathwayPathway is an open framework for high-throughput and low-latency real-time data processing.Python00
热门内容推荐
最新内容推荐
项目优选
收起

OpenHarmony documentation | OpenHarmony开发者文档
Dockerfile
139
1.91 K

deepin linux kernel
C
22
6

Nop Platform 2.0是基于可逆计算理论实现的采用面向语言编程范式的新一代低代码开发平台,包含基于全新原理从零开始研发的GraphQL引擎、ORM引擎、工作流引擎、报表引擎、规则引擎、批处理引引擎等完整设计。nop-entropy是它的后端部分,采用java语言实现,可选择集成Spring框架或者Quarkus框架。中小企业可以免费商用
Java
8
0

React Native鸿蒙化仓库
C++
192
273

🎉 (RuoYi)官方仓库 基于SpringBoot,Spring Security,JWT,Vue3 & Vite、Element Plus 的前后端分离权限管理系统
Vue
923
551

旨在打造算法先进、性能卓越、高效敏捷、安全可靠的密码套件,通过轻量级、可剪裁的软件技术架构满足各行业不同场景的多样化要求,让密码技术应用更简单,同时探索后量子等先进算法创新实践,构建密码前沿技术底座!
C
421
392

openGauss kernel ~ openGauss is an open source relational database management system
C++
145
189

为非计算机科班出身 (例如财经类高校金融学院) 同学量身定制,新手友好,让学生以亲身实践开源开发的方式,学会使用计算机自动化自己的科研/创新工作。案例以量化投资为主线,涉及 Bash、Python、SQL、BI、AI 等全技术栈,培养面向未来的数智化人才 (如数据工程师、数据分析师、数据科学家、数据决策者、量化投资人)。
Jupyter Notebook
74
64

本仓将收集和展示高质量的仓颉示例代码,欢迎大家投稿,让全世界看到您的妙趣设计,也让更多人通过您的编码理解和喜爱仓颉语言。
Cangjie
344
1.3 K

Elasticsearch
国内Top1 elasticsearch搜索引擎框架es ORM框架,索引全自动智能托管,如丝般顺滑,与Mybatis-plus一致的API,屏蔽语言差异,开发者只需要会MySQL语法即可完成对Es的相关操作,零额外学习成本.底层采用RestHighLevelClient,兼具低码,易用,易拓展等特性,支持es独有的高亮,权重,分词,Geo,嵌套,父子类型等功能...
Java
36
8