【亲测免费】 LinearDesign mRNA设计软件使用教程

1. 项目目录结构及介绍

LinearDesign/
├── src/
│   ├── main.cpp
│   ├── utils.cpp
│   └── ...
├── Makefile
├── README.md
├── coding_wheel.txt
├── codon_usage_freq_table_human.csv
├── codon_usage_freq_table_yeast.csv
├── gflags.py
├── license.txt
├── lineardesign
└── testseq

目录结构介绍

• src/: 包含项目的源代码文件，如main.cpp和utils.cpp等。
• Makefile: 用于编译项目的Makefile文件。
• README.md: 项目的说明文档。
• coding_wheel.txt: 编码轮文件。
• codon_usage_freq_table_human.csv: 人类密码子使用频率表。
• codon_usage_freq_table_yeast.csv: 酵母密码子使用频率表。
• gflags.py: 配置标志的Python脚本。
• license.txt: 项目许可证文件。
• lineardesign: 可执行文件，用于运行LinearDesign程序。
• testseq: 测试序列文件。

2. 项目启动文件介绍

启动文件

• lineardesign: 这是项目的可执行文件，用于启动LinearDesign程序。

启动命令

./lineardesign [OPTIONS]

选项说明

• --lambda LAMBDA 或 -l LAMBDA: 设置LAMBDA，一个平衡MFE和CAI的超参数（默认值为0.0）。
• --codonusage FILE_NAME 或 -c FILE_NAME: 导入密码子使用频率表（默认使用人类密码子使用频率表）。
• --verbose 或 -v: 打印更多详细信息（默认关闭）。

3. 项目配置文件介绍

配置文件

• Makefile: 用于编译项目的Makefile文件。
• codon_usage_freq_table_human.csv: 人类密码子使用频率表。
• codon_usage_freq_table_yeast.csv: 酵母密码子使用频率表。

Makefile配置

# Makefile示例
all:
    g++ -o lineardesign src/main.cpp src/utils.cpp

密码子使用频率表

• codon_usage_freq_table_human.csv: 包含人类密码子的使用频率。
• codon_usage_freq_table_yeast.csv: 包含酵母密码子的使用频率。

这些文件用于配置LinearDesign程序的运行参数，如密码子使用频率表的选择。