SpatialDE 项目使用教程

1. 项目目录结构及介绍

SpatialDE 项目的目录结构如下：

SpatialDE/
├── Analysis/
│   ├── BreastCancer/
│   ├── Frog/
│   ├── MERFISH/
│   ├── MouseOB/
│   ├── SeqFISH/
│   └── ...
├── Python-module/
├── R-package/
├── README_files/
├── Stan-model/
├── data/
├── gp_fits/
├── .gitattributes
├── .gitignore
├── LICENSE
├── README.ipynb
├── README.rst
├── data_simulation.py
├── test-FaST-GP.py
└── visualization.py

目录介绍：

• Analysis/: 包含多个子目录，每个子目录对应一个具体的应用案例，如乳腺癌、蛙的发育、MERFISH 技术等。
• Python-module/: 包含 Python 模块的实现代码。
• R-package/: 包含 R 包的实现代码。
• README_files/: 包含 README 文件的相关资源。
• Stan-model/: 包含 Stan 模型的实现代码。
• data/: 包含项目所需的数据文件。
• gp_fits/: 包含高斯过程拟合的相关文件。
• .gitattributes: Git 属性配置文件。
• .gitignore: Git 忽略文件配置。
• LICENSE: 项目许可证文件。
• README.ipynb: Jupyter Notebook 格式的 README 文件。
• README.rst: reStructuredText 格式的 README 文件。
• data_simulation.py: 数据模拟脚本。
• test-FaST-GP.py: 测试 FaST-GP 的脚本。
• visualization.py: 数据可视化脚本。

2. 项目启动文件介绍

SpatialDE 项目的启动文件主要是 README.ipynb 和 README.rst。这两个文件提供了项目的详细介绍和使用示例。

README.ipynb

这是一个 Jupyter Notebook 文件，提供了交互式的使用示例。你可以通过以下步骤启动和查看：

1. 安装 Jupyter Notebook：

   pip install notebook
   

2. 启动 Jupyter Notebook：

   jupyter notebook
   

3. 在浏览器中打开 README.ipynb 文件，查看和运行示例代码。

README.rst

这是一个 reStructuredText 文件，提供了项目的详细介绍和使用说明。你可以通过以下步骤查看：

1. 使用文本编辑器或终端打开 README.rst 文件。
2. 阅读文件内容，了解项目的详细信息和使用方法。

3. 项目的配置文件介绍

SpatialDE 项目的主要配置文件是 .gitattributes 和 .gitignore。

.gitattributes

这个文件用于配置 Git 的属性，例如指定文件的换行符类型等。通常不需要手动修改此文件，除非你有特定的需求。

.gitignore

这个文件用于指定 Git 应该忽略的文件和目录。例如，临时文件、缓存文件等可以添加到此文件中，以避免它们被提交到版本控制中。

示例 .gitignore 内容：

*.pyc
__pycache__/
*.ipynb_checkpoints/

这些配置文件确保了项目的版本控制和文件管理更加规范和高效。