Biowasm 项目教程

2024-09-15 11:31:30作者：沈韬淼Beryl

WebAssembly modules for genomics

项目地址：https://gitcode.com/gh_mirrors/bi/biowasm

1. 项目介绍

Biowasm 是一个开源项目，旨在将生物信息学工具从 C/C++ 编译为 WebAssembly，使其能够在网页浏览器中运行。通过这种方式，开发者可以在网页应用中直接使用这些工具，而无需依赖服务器端处理。Biowasm 提供了一个便捷的方式来集成和运行生物信息学命令行工具，适用于各种生物信息学应用场景。

2. 项目快速启动

2.1 环境准备

在开始之前，确保你已经安装了以下工具：

Node.js (推荐版本 14 或更高)
Git

2.2 克隆项目

首先，克隆 Biowasm 项目到本地：

git clone https://github.com/biowasm/biowasm.git
cd biowasm

2.3 安装依赖

安装项目所需的依赖：

npm install

2.4 编译工具

使用 Biowasm 提供的脚本编译你需要的生物信息学工具：

npm run compile -- <tool_name>

例如，编译 samtools：

npm run compile -- samtools

2.5 运行工具

编译完成后，你可以在浏览器中运行这些工具。以下是一个简单的示例，展示如何在网页中使用 samtools：

<!DOCTYPE html>
<html lang="en">
<head>
    <meta charset="UTF-8">
    <title>Biowasm Example</title>
</head>
<body>
    <script src="https://cdn.biowasm.com/aioli/latest/aioli.js"></script>
    <script>
        const aioli = new Aioli();
        aioli.load('samtools').then(() => {
            aioli.exec('samtools', ['view', '-h', 'input.bam']).then(output => {
                console.log(output);
            });
        });
    </script>
</body>
</html>

3. 应用案例和最佳实践

3.1 交互式教程

Biowasm 可以用于创建交互式生物信息学教程，用户可以直接在浏览器中运行和学习生物信息学工具的使用。例如，42basepairs 使用 Biowasm 运行 samtools、bedtools 等工具，帮助用户预览和分析基因组文件。

3.2 数据预处理

在数据上传到服务器之前，可以使用 Biowasm 在浏览器中进行数据预处理和验证。例如，CZ ID 使用 Biowasm 运行 htsfile 和 seqtk，以识别数据问题并提高数据上传的准确性。

3.3 实时分析

Biowasm 还可以用于实时分析，例如在浏览器中进行基因组数据的可视化和分析。Nanopore 使用 Biowasm 运行 samtools，生成 BAM 文件，以便在浏览器中进行实时分析。

4. 典型生态项目

4.1 Aioli

Aioli 是 Biowasm 生态中的一个重要工具，它提供了一个框架，用于在浏览器中运行 WebAssembly 模块。Aioli 简化了在网页应用中集成和使用生物信息学工具的过程。

4.2 ViralWasm

ViralWasm 是一个使用 Biowasm 的项目，专注于病毒分子流行病学分析。它使用 minimap2 和 ViralConsensus 等工具，帮助研究人员分析病毒序列数据。

4.3 Datagrok

Datagrok 是一个数据分析平台，使用 Biowasm 运行 kalign 等工具，在浏览器中进行多序列比对分析。

通过以上模块的介绍，你可以快速上手 Biowasm 项目，并了解其在生物信息学领域的应用和生态。

WebAssembly modules for genomics

项目地址：https://gitcode.com/gh_mirrors/bi/biowasm

热门内容推荐

1 开发者路线图项目教程 2 开源项目 developer-roadmap 使用教程 3 Vue.js 教程与指南 4 Vue.js 项目教程 5 开源项目教程：awesome-selfhosted 6 开源项目 `awesome-selfhosted` 使用教程 7 TensorFlow 开源项目教程 8 TensorFlow：开启机器学习新纪元 9 Linux 内核项目使用教程 10 Flutter 项目教程

最新内容推荐

深入解析8cc C编译器的实用案例开源力量：flexlib组件库的应用实践 AS3WebSocket 实践案例解析 ArcusNode：助力P2P网络通信的强大工具《深入浅出概率分布Monad：实用案例解析》《FreeRADIUS Client的应用实践与成效分析》《探索Laptop脚本：macOS开发环境自动化配置的艺术》《FFcast：开源屏幕区域处理工具的应用实践解析》《Twist：打造卓越的Markdown书籍审阅平台》《pinax-likes开源项目在Web应用中的实际应用案例解析》

项目优选

收起

国产编程语言蓝皮书

《国产编程语言蓝皮书》-编委会工作区

Cangjie-Examples

本仓将收集和展示高质量的仓颉示例代码，欢迎大家投稿，让全世界看到您的妙趣设计，也让更多人通过您的编码理解和喜爱仓颉语言。

旨在打造算法先进、性能卓越、高效敏捷、安全可靠的密码套件，通过轻量级、可剪裁的软件技术架构满足各行业不同场景的多样化要求，让密码技术应用更简单，同时探索后量子等先进算法创新实践，构建密码前沿技术底座！

HarmonyOS-Examples

本仓将收集和展示仓颉鸿蒙应用示例代码，欢迎大家投稿，在仓颉鸿蒙社区展现你的妙趣设计！

GitCode光引计划有奖征文大赛

GitCode光引计划有奖征文大赛

前端智能化场景解决方案UI库，轻松构建你的AI应用，我们将持续完善更新，欢迎你的使用与建议。官网地址：https://matechat.gitcode.com

🎉 基于SpringBoot，Spring Security，JWT，Vue & Element 的前后端分离权限管理系统，同时提供了 Vue3 的版本

CangjieCommunity

为仓颉编程语言开发者打造活跃、开放、高质量的社区环境

open-eBackup是一款开源备份软件，采用集群高扩展架构，通过应用备份通用框架、并行备份等技术，为主流数据库、虚拟化、文件系统、大数据等应用提供E2E的数据备份、恢复等能力，帮助用户实现关键数据高效保护。

SmartAdmin国内首个以「高质量代码」为核心，「简洁、高效、安全」中后台快速开发平台；基于SpringBoot2/3 + Sa-Token + Mybatis-Plus 和 Vue3 + Vite5 + Ant Design Vue 4.x (同时支持JavaScript和TypeScript双版本)；满足国家三级等保要求、支持登录限制、接口数据国产加解密、高防SQL注入等一系列安全体系。