【亲测免费】 Foldseek 项目下载及安装教程

1、项目介绍

Foldseek 是一个用于快速和敏感地比较大型蛋白质结构集的开源工具。它能够高效地搜索和比对蛋白质结构，适用于大规模的结构数据库查询。Foldseek 基于 MMseqs2 开发，提供了多种功能模块，包括结构搜索、数据库创建、集群分析等。

2、项目下载位置

Foldseek 项目托管在 GitHub 上，可以通过以下链接进行下载：

Foldseek GitHub 仓库

你可以使用 git clone 命令来下载项目：

git clone https://github.com/steineggerlab/foldseek.git

3、项目安装环境配置

系统要求

Foldseek 支持多种操作系统，包括 Linux、macOS 和 Windows（通过 WSL）。以下是不同操作系统的安装环境配置示例。

Linux 环境配置

1. 检查 CPU 支持的指令集：

   • AVX2 支持：

     cat /proc/cpuinfo | grep avx2
     

   • SSE2 支持：

     cat /proc/cpuinfo | grep sse2
     

2. 安装依赖：

   • 确保系统已安装 wget 和 tar 工具。

macOS 环境配置

1. 安装 Homebrew（如果尚未安装）：

   /bin/bash -c "$(curl -fsSL https://raw.githubusercontent.com/Homebrew/install/HEAD/install.sh)"
   

2. 安装依赖：

   brew install wget
   

环境配置示例图片

4、项目安装方式

Linux 安装

AVX2 版本

wget https://mmseqs.com/foldseek/foldseek-linux-avx2.tar.gz
tar xvzf foldseek-linux-avx2.tar.gz
export PATH=$(pwd)/foldseek/bin/:$PATH

SSE2 版本

wget https://mmseqs.com/foldseek/foldseek-linux-sse2.tar.gz
tar xvzf foldseek-linux-sse2.tar.gz
export PATH=$(pwd)/foldseek/bin/:$PATH

ARM64 版本

wget https://mmseqs.com/foldseek/foldseek-linux-arm64.tar.gz
tar xvzf foldseek-linux-arm64.tar.gz
export PATH=$(pwd)/foldseek/bin/:$PATH

macOS 安装

wget https://mmseqs.com/foldseek/foldseek-osx-universal.tar.gz
tar xvzf foldseek-osx-universal.tar.gz
export PATH=$(pwd)/foldseek/bin/:$PATH

Conda 安装（适用于 Linux 和 macOS）

conda install -c conda-forge -c bioconda foldseek

5、项目处理脚本

快速搜索示例

以下是一个使用 Foldseek 进行快速搜索的示例脚本：

foldseek easy-search example/d1asha_ example/ aln tmpFolder

自定义输出格式

你可以通过 --format-output 选项自定义输出格式，例如：

foldseek easy-search example/d1asha_ example/ aln tmpFolder --format-output "query target qaln taln"

生成 HTML 搜索结果

foldseek easy-search example/d1asha_ example/ result.html tmp --format-mode 3

通过以上步骤，你可以成功下载、安装并开始使用 Foldseek 进行蛋白质结构搜索和分析。