CBIG 项目使用与配置指南

1. 项目目录结构及介绍

CBIG（Computational Brain Imaging Group）项目是一个为功能磁共振成像（fMRI）研究提供工具的包，包括预处理管道、大脑分割算法、精神疾病亚型图和算法等。以下是项目的目录结构及各部分功能介绍：

• bin：包含可执行文件和脚本。
• data：存储项目所需的数据文件。
• external_packages：存放外部依赖的软件包。
• hooks：包含版本控制系统钩子脚本。
• setup：包含项目设置和配置脚本，以及安装指南。
• stable_projects：包含稳定版本的CBIG项目和示例数据。
• utilities：存放一些通用的工具脚本和库。
• .editorconfig：配置代码编辑器设置。
• .gitignore：定义Git应该忽略的文件和目录。
• .gitmodules：定义Git子模块。
• LICENSE.md：项目使用的许可证信息。
• README.md：项目的主要介绍文件。

2. 项目的启动文件介绍

在CBIG项目中，启动文件通常位于setup目录下。这些文件负责初始化项目环境，配置所需的路径和环境变量。以下是一些重要的启动文件：

• setup.sh：用于Linux系统的脚本，配置环境变量和项目依赖。
• setup.bat：用于Windows系统的批处理文件，执行与setup.sh相同的任务。

使用这些文件通常需要以下步骤：

cd path/to/CBIG/setup
source setup.sh # 对于Linux系统
# 或者
setup.bat # 对于Windows系统

3. 项目的配置文件介绍

CBIG项目的配置文件用于指定项目运行时的参数和选项。以下是一些主要的配置文件：

• config.mat：MATLAB环境的配置文件，定义了项目所需的各种路径和参数。
• config.py：Python环境的配置文件，同样用于定义路径和参数。

这些配置文件通常包含以下内容：

• 数据存储位置
• 依赖的软件包版本
• 运行时参数，如算法选项、预处理步骤等

配置文件需要根据实际项目需求和运行环境进行修改。修改完成后，确保重新加载配置，以便项目使用最新的设置。

在使用CBIG项目时，请确保按照setup目录下的指南进行环境配置，以便顺利运行项目中的工具和脚本。