MyGene.info 安装与配置指南

项目基础介绍

MyGene.info 是一个用于访问基因注释信息的 Web API（Gene Annotation Query as a Service）。它是 BioThings API 系列的一部分，该系列还包括 MyVariant.info、MyChem.info 等其他 API。MyGene.info 提供了高性能的 Web 服务，用于查询基因和变异注释信息。

主要编程语言

该项目主要使用 Python 编程语言。

项目使用的关键技术和框架

• Python：作为主要的编程语言。
• Flask：一个轻量级的 Web 应用框架。
• Git：用于版本控制和代码管理。

安装和配置准备工作

在开始安装和配置 MyGene.info 之前，请确保您的系统已安装以下必备软件：

• Python（版本 >= 3.4）
• Git

在 Ubuntu/Debian 系统中，您可以通过以下命令安装所有必备软件：

sudo apt-get install python-dev python-setuptools git

安装步骤

1. 克隆项目仓库：

git clone https://github.com/biothings/mygene.info.git

2. （可选，但强烈推荐）设置 Python 虚拟环境：

sudo easy_install pip
sudo pip install virtualenv
virtualenv ~/opt/devpy

3. 安装所需的 Python 模块：

pip install -r ./requirements_web.txt

4. 创建自己的 config.py 文件：

cd src
vim config.py

在 config.py 文件中，您需要包含以下内容：

from config_web import *
from config_hub import *
# And additional customizations

5. 运行开发服务器：

python index.py --debug

或者，如果您想要指定端口：

python index.py --debug --port=9000

以上步骤将帮助您成功安装和配置 MyGene.info，使其在本地环境中运行。