【亲测免费】 Mol*：下一代生物大分子结构数据可视化与分析工具

项目介绍

Mol*（/'mol-star/）是一个旨在为下一代生物大分子结构数据交付和分析工具提供技术基础的开源项目。由PDBe和RCSB PDB联合发起，Mol*结合了LiteMol和NGL的优点，致力于提供一个强大的技术栈，支持复杂的生物大分子结构数据的3D可视化和分析。

项目技术分析

Mol*的核心技术栈包括多个模块，每个模块都专注于不同的功能：

• mol-task：提供计算抽象，支持进度跟踪和取消操作。
• mol-data：处理数据集合，如基于整数的集合、列/表接口等。
• mol-math：包含与数学相关的算法和数据结构。
• mol-io：解析库，支持常见坐标、实验/映射和注释数据格式的解析。
• mol-model：用于表示分子数据的数据结构和算法，包括坐标、实验/映射和注释数据。
• mol-script：脚本语言，支持创建表示/场景和查询，包括MolQL查询语言。
• mol-geo：创建分子几何图形。
• mol-theme：为结构、体积和形状表示提供主题。
• mol-repr：分子表示，包括结构、体积和形状。
• mol-gl：WebGL的封装。
• mol-canvas3d：低级3D视图组件，使用mol-geo生成几何图形。
• mol-state：状态表示树，支持状态保存和自动更新。
• mol-plugin：定义模块化的Mol*插件实例，利用mol-state和mol-canvas3d。
• mol-plugin-ui：基于React的用户界面，部分组件可集成到第三方解决方案中。

此外，Mol*还包含多个服务器实现，如模型服务器、体积服务器和插件状态服务器，以及性能测试、示例和CLI应用程序。

项目及技术应用场景

Mol*在多个生物大分子数据资源中得到了广泛应用：

• PDBe-Mol*插件：用于EMBL-EBI的数据资源，如PDBe、PDBe-KB和AlphaFold DB。支持属性/属性定制，提供叠加视图以显示所有观察到的配体分子。
• RCSB-Mol*插件：用于RCSB PDB，提供结构对齐和结构基序的可视化预设，支持交互式添加或隐藏链的部分。

项目特点

• 强大的技术栈：结合了LiteMol和NGL的优点，提供全面的生物大分子结构数据处理能力。
• 模块化设计：各个模块功能独立，便于扩展和定制。
• 丰富的应用场景：广泛应用于PDBe、RCSB PDB等权威生物大分子数据资源。
• 开源社区支持：通过Gitter社区和GitHub仓库，开发者可以轻松参与项目贡献和讨论。

Mol*不仅是一个强大的工具，更是一个开放的平台，欢迎所有对生物大分子结构数据可视化和分析感兴趣的开发者加入，共同推动这一领域的发展。