ProTrek 项目使用说明

1. 项目目录结构及介绍

ProTrek 项目目录结构如下：

ProTrek/
├── .idea
├── bin
├── demo
├── example
├── faiss_index
├── figure
├── model
├── scripts
├── utils
├── weights
├── .gitignore
├── LICENSE
├── README.md
├── environment.sh
└── requirements.txt

• .idea: 存储PyCharm项目配置文件。
• bin: 存放Foldseek的二进制文件。
• demo: 示例脚本和代码。
• example: 示例数据文件。
• faiss_index: 存储预计算的faiss索引文件。
• figure: 存储项目相关的图像和图表。
• model: 模型定义和实现代码。
• scripts: 执行项目任务的各种脚本。
• utils: 实用工具函数和类。
• weights: 存储预训练的模型权重文件。
• .gitignore: 指定git忽略的文件和目录。
• LICENSE: 项目的开源许可证文件。
• README.md: 项目的说明文件。
• environment.sh: 创建和配置Python虚拟环境的脚本。
• requirements.txt: 项目依赖的Python包列表。

2. 项目的启动文件介绍

项目的启动主要是通过environment.sh脚本进行的，该脚本用于创建一个Python虚拟环境并安装项目所需的依赖。

conda create -n protrek python=3.10 --yes
conda activate protrek

接着，通过以下命令克隆仓库并安装依赖：

bash environment.sh

3. 项目的配置文件介绍

项目的主要配置文件是environment.sh和requirements.txt。

• environment.sh: 用于创建和激活Python虚拟环境，确保项目在一个隔离的环境中运行，避免依赖冲突。

• requirements.txt: 列出了项目运行所依赖的Python包，例如：

torch
numpy
pandas
...

这个文件被environment.sh脚本用来通过pip安装所需的Python包。通过正确配置这两个文件，可以确保在不同的机器上能够快速搭建和运行项目环境。