Refine.bio 开源项目使用教程
2025-04-19 05:29:04作者:秋阔奎Evelyn
1. 项目介绍
Refine.bio 是一个开源项目,旨在将公开可用的生物数据整合成适用于癌症研究人员和 AI/ML 科学家 ready-to-use 的数据集。它能够协调 petabytes 级别的生物数据,使得研究人员能够轻松访问并使用这些数据。
2. 项目快速启动
环境准备
在开始之前,请确保您的系统中已安装以下依赖项:
- Python 3 和 Pip
- Docker
- Terraform
- jq
- black (Python 代码格式化工具)
- shellcheck (Shell 脚本静态分析工具)
Linux 系统安装命令
sudo apt-get -y install python3-pip docker.io terraform jq iproute2 shellcheck
sudo pip3 install black
Mac 系统安装命令
brew install docker terraform jq black shellcheck
拉取项目代码
git clone https://github.com/AlexsLemonade/refinebio.git
cd refinebio
创建虚拟环境
./scripts/create_virtualenv.sh
source dr_env/bin/activate
安装依赖
pip install -r requirements.txt
启动服务
启动 PostgreSQL
./scripts/run_postgres.sh
./scripts/install_db_docker.sh
启动 Elasticsearch
./scripts/run_es.sh
./scripts/rebuild_es_index.sh
3. 应用案例和最佳实践
Refine.bio 的使用案例主要包括数据的下载、处理和分析。以下是一些最佳实践:
- 使用
refinebio
的foreman
组件来发现和下载数据。 - 使用
workers
组件来运行下载器和处理器作业。 - 利用
refinebio
提供的 API 来访问和查询数据集。
4. 典型生态项目
Refine.bio 的生态系统包括多个子项目,以下是一些典型的子项目:
common
: 包含foreman
和workers
需要的通用代码。foreman
: 负责发现数据、下载/处理数据以及管理作业。workers
: 负责运行下载器和处理器作业。infrastructure
: 管理和部署 Refine.bio 所需的基础设施。
以上就是 Refine.bio 的基本使用教程。希望对您的项目开发有所帮助。
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