Biowasm 项目使用教程

1. 项目目录结构及介绍

Biowasm 项目提供了一个将生物信息学工具从 C/C++ 编译成 WebAssembly 的平台，使其能够在浏览器中运行。以下是项目的目录结构和各部分的简要介绍：

biowasm/
├── bin/             # 存放编译好的 WebAssembly 模块
├── CONTRIBUTING.md  # 贡献指南
├── CONTRIBUTING.md  # 贡献指南
├── licenses/        # 许可文件
├── manifest.json    # 项目清单文件
├── README.md        # 项目说明文件
├── tools/           # 存放源代码的工具目录
│   ├── 42basepairs
│   ├── bedqc
│   ├── CZ-ID
│   ├── Nanopore
│   ├── ViralWasm
│   ├── Datagrok
│   └── fastq
├── web/             # Web 应用程序代码
│   ├── aioli/
│   └── ...
└── webassembly/     # WebAssembly 相关代码

• bin/: 存放编译好的 WebAssembly 模块。
• CONTRIBUTING.md: 指导开发者如何为项目做出贡献。
• licenses/: 存放项目的许可文件。
• manifest.json: 项目清单文件，定义了 WebAssembly 模块和它们的依赖关系。
• README.md: 项目说明文件，介绍了项目的背景、功能和使用方法。
• tools/: 存放源代码的工具目录，包含了多个生物信息学工具的源代码。
• web/: Web 应用程序代码，包含用于运行 WebAssembly 模块的前端代码。
• webassembly/: WebAssembly 相关代码，包括用于编译 C/C++ 源代码到 WebAssembly 的工具。

2. 项目的启动文件介绍

项目的启动文件主要是指 web/aioli/aioli.js，这是用于在浏览器中运行 WebAssembly 模块的主要脚本。以下是该文件的主要功能：

• 初始化 WebAssembly 模块。
• 处理用户输入和输出。
• 与 WebAssembly 模块进行交互，包括调用函数和数据传输。

async function loadWasmModule() {
  const wasmModule = await WebAssembly.instantiateStreaming(fetch('bin/biowasm.wasm'));
  // 设置 WebAssembly 模块的全局变量
  globalThis.wasmModule = wasmModule.instance;
  // 初始化 WebAssembly 模块
  await globalThis.wasmModule.init();
  // 设置事件监听器
  // ...
}

3. 项目的配置文件介绍

Biowasm 项目的配置文件主要是指 manifest.json，它定义了 WebAssembly 模块和它们的依赖关系。以下是该文件的主要内容：

{
  "name": "biowasm",
  "version": "0.1.0",
  "description": "WebAssembly modules for genomics",
  "main": "bin/biowasm.wasm",
  "dependencies": {
    // 定义模块的依赖关系
    "42basepairs": "file:./tools/42basepairs",
    // ...
  }
}

• name: 模块名称。
• version: 模块版本。
• description: 模块描述。
• main: 模块主文件路径。
• dependencies: 模块的依赖关系。

通过以上三个部分，您应该能够了解 Biowasm 项目的结构和基本使用方法。接下来，您可以根据项目需求进行相应的开发和使用。