TraCeR安装与配置指南

1. 项目基础介绍

TraCeR 是一个开源项目，用于从单细胞RNA-seq数据中重建T细胞受体序列。该工具能够识别出具有相同受体序列的细胞，从而推断它们来源于同一个克隆性扩生的细胞。TraCeR 的主要编程语言是 Python。

2. 项目使用的关键技术和框架

• Bowtie2: 用于将读段对齐到合成的TCR基因组。
• Trinity: 用于将读段组装成TCR连续体。TraCeR 支持Trinity的版本1和版本2。
• IgBLAST: 用于分析组装的连续体。
• Kallisto 或 Salmon: 用于量化TCR表达。
• Graphviz: 用于可视化克隆型网络图（可选）。

3. 安装和配置准备工作

在开始安装TraCeR之前，请确保以下准备工作已完成：

• 安装Python环境（兼容Python 2和3）。
• 安装所需的依赖软件（Bowtie2、Trinity、IgBLAST、Kallisto/Salmon、Graphviz）。
• 准备好一个文本编辑器，用于编辑配置文件。

详细安装步骤

1. 克隆项目仓库 使用Git克隆TraCeR的仓库到本地环境：

   git clone https://github.com/Teichlab/tracer.git
   

2. 安装Python依赖 在tracer目录中，使用pip安装所需的Python库：

   pip install -r requirements.txt
   

3. 设置环境变量 根据需要，将IgBLAST的路径添加到环境变量中。例如：

   export IGDATA=/<path_to_igblast>/igblast/1.4.0/bin
   

4. 安装TraCeR 在tracer目录中，运行以下命令安装TraCeR：

   python setup.py install
   

5. 配置TraCeR 在安装目录中，找到一个名为tracer.conf的配置文件。使用文本编辑器打开它，并根据你的环境配置各个工具的路径。例如：

   [tool_locations]
   bowtie2_path = /path/to/bowtie2
   bowtie2-build_path = /path/to/bowtie2-build
   igblast_path = /path/to/igblastn
   makeblastdb_path = /path/to/makeblastdb
   kallisto_path = /path/to/kallisto
   salmon_path = /path/to/salmon
   trinity_path = /path/to/trinity
   dot_path = /path/to/dot
   neato_path = /path/to/neato
   

6. 测试安装 运行以下命令来测试TraCeR是否安装正确：

   tracer --version
   

   如果TraCeR正确安装，上述命令将输出当前安装的版本号。

完成以上步骤后，您应该已经成功安装并配置了TraCeR，可以开始使用了。